后周的制度被宋朝全盤沿用，宋軍五百人為標準的營，一般直接稱“指揮”，作為為基本單位，統計兵力都計算有多少指揮，調動組編也以指揮為單位，一般并不拆散。營下的為百人的都，有都頭；都以下的編制是什伍之制，有軍頭、十將等士官的名目。蕃兵其編制因族而異，或按部族、性、族，或按族、標、隊，至神宗時才統一采用指揮、都的編制。所以宋軍的編制分為軍、指揮、都三級。
后來又有變動，有了將的編制，可還分大、小，兵員數目在八千到一萬。南渡后更亂，編制也跟李云龍的獨立團似的連都有大有小。如韓世忠為前護軍，以楚州為中心組織防御，下轄十一個統制、十三個統領，有六十三將編制，約八萬兵馬；劉光世為左護軍，下轄十軍，防御淮北方向，約有五萬多兵馬；張俊為中護軍，有十一個軍、九十九將編制，以建康為中心展開，兵力約為八萬人；岳飛為后護軍以鄂州為中心組織防御，轄十二個軍。
到現在趙昺都十分慶幸，當初自己組建帥府軍的時候只有幾千人，自己充其量只相當于現代的一個乙種師的師長，好歹還能擺弄清楚，若是真一下子給他幾萬人，別看他是個理科生也弄不明白了。以后也是采用的笨辦法，反正我預設的編制就這么多，兵多了也養不起，夠五百人就編成一個營，然后再逐步在原有的五個營的基礎上擴大編制，從統領，編成統制，再編成都統制，就這么糊弄到瓊州。
而到了崖州之后，趙昺很是懵了一段時間，由于行朝的各部來援龐雜，又收攏了各路敗軍，禁軍、廂軍、義勇讓他傻傻弄不清楚。頂著殿前禁軍番號的禁軍實際在幾萬人，少的時候只有兩萬人；淮軍鼎盛時期幾十萬兵將，但張世杰手里也就數千人而已；還有幾十人就號稱一個指揮的，也有數千義勇編成一個指揮的。
反正就是一筆糊涂賬，說到哪支軍隊，趙昺都得好好想想，他們有多少人，有多少統制、統領。待遷瓊后，他立即就對各部按照自己的笨辦法進行了改編，人多的裁撤，人少的補充。但是這個編制結構仍不合理，營以下還好說，伙、隊、都編制齊全。
然后一下子就跳到了將一級，由一個統領管理，中間層間隔太大，這在管理上十分不便，戰時也暴露出不小的缺陷。在這次瓊州保衛戰中，其實是最高軍事長官張世杰在指揮，而作為都統制的趙孟錦不得不下放到某一個方面去直接指揮，統領更是直接指揮到營，甚至越級到都，關鍵時刻還要脫離指揮位置到前沿，使指揮體系極度混亂。當然造成這種亂象，趙昺也功不可沒，他一個皇帝都直接對敵，底下的人敢不奮勇啊
水軍在指揮體系上雖然沒有步軍這樣混亂，但是編制上也并不完美。當然這也與趙昺脫離不了干系，一個是因為他對古時水戰的形式還缺乏直觀的了解；二是對戰船人員構成也處于茫然不知的狀態，只是憑著自己的直覺和劉洙等水軍將領的建議分配水手；三是作為水軍最高指揮官此前也只是一個寨頭，管理著大小十幾艘戰船，同樣缺乏大編隊作戰的經驗。
這就導致三個水寨的設置都是眉毛、胡子一把抓，大小戰船都是按功能配置，卻沒有按照不同的戰斗任務實行管理。往往每逢大戰都是全軍無論大小船只傾巢而出，導致戰斗打響后有的人在看熱鬧，有的人卻是忙得腳不沾地，造成兵力的浪費不說，也造成資源的浪費