司令部與兵部軍種部相對應，下設步、騎、水、炮四個指揮部，分別負責制定各個軍種的作戰計劃，戰斗指揮、整補、核定等事宜；軍事情報部便是原來的主管機宜文字和兵部的諜報司，職能未變，換了個現代感的名字；軍需部則是負責制定甲仗器械的使用配置計劃，新式武器的研發和推廣、研究戰法和戰術應用。另外還在戰時指揮輜重軍的工程部隊，指導筑城和修建工事。
僉事判官廳是常設機構，負責樞密院的日常工作，相當于現代的綜合辦公室；職方司是從兵部端過來的，仍然負責地圖的繪制和地形勘測；參議司就是個儲才之地，相當于現代的軍事委員會，他們的作用主要是平日協助樞密使制定戰略、戰策，對作戰計劃意見，戰時可從中挑選領兵的將帥；督撫司此時只是空設，是為了指揮管理各戰區預備的。
至于戰區的重新調整劃設，趙昺現在還沒有想過，當下只有瓊州這點地盤，也沒有必要劃分。而將來面對的卻是整個淪陷區，不僅地理區域廣大，且形勢復雜。即使是拋開地域概念，按照未來戰爭可能發生的方向來劃分，而面對的戰爭存在著大寬度、大縱深的特點，一次大規模局部戰爭爆發可能要動員全國半數地區的軍事相關機構，所以還需細細謀劃
軍事機關的大腦有了，那接下來身體，這就牽扯到了軍隊的編制問題。趙昺來到這個世界后，起初對宋朝的官制頭疼的很，許多官名與現代不同便罷了，且職能也有的是以原意牛馬不相及，讓他費了好大的勁兒才搞明白怎么回事。而軍隊方面雖然簡明了一些，可也顛覆了過去很多固有的觀念，讓他難以適從。
在現代軍、師、旅、團、營、連、排、班的編制序列早已在腦子中根深蒂固，成為慣性，不用想就知道編制的大小。來到這個世界卻亂了套，其實這些叫法古已有之，但是與現代，甚至當下也完全不是一個概念，而對應的軍職也是千變萬化，不下點功夫也弄不明白怎么回事。
中國自夏朝初期產生軍隊編制，由于社會政治制度的變革、生產力水平的提高和長期連綿不斷的戰爭所影響，使得軍隊制極為豐富。現代軍隊編制一般都是統一的，在平時和戰時的編制基本相同，要調動的話也是成建制的調動。但中國古代軍隊往往有兩種編制，一種是平時組織訓練的編制，另一種是戰斗部隊的編制。當要組建參戰部隊時需要打破原編制，將士兵重新組織到新的戰斗編制中去。
中國古代軍隊的基本編制單位就是一五一十的“什伍”之制。另外古代展開軍隊作戰時往往會排列成左、右兩路或左、中、右三路的陣勢，由此影響到軍隊要采用二進位或三進位，或其倍數的編制。
商代已經有了“什”的士兵編制，十個什由百夫長指揮；十什編為大行，由千夫長指揮；作戰時習慣按照左、中、右各一個大行來排列陣勢，投入戰斗的三個大行就稱之為“師”，是商代最基本戰略單位。周代仍然以“師”為基本單位，進入春秋戰國時期就比較亂套了，各國各自不同，但仍采用什伍制為基數。
漢朝步兵每五人編為伍，由伍長指揮；五個伍編為“兩”，由兩司馬指揮；四個兩編為卒，由卒長指揮；五個卒編為旅，由旅帥指揮；五個旅編為師，由師帥指揮；五個師編為軍，由軍將指揮。隋唐繼承了府兵制度，各地遍設折沖府，為組織、訓練的編制單位，管轄兵員八百至千人，設折沖都尉，副手為兩位果毅都尉；府下轄數個團，每團兵員二百人，設校尉為主官；團下轄二旅，每旅兵員百人，設旅帥為主官；旅下轄二隊，每隊兵員五十人，設隊正為主官；隊下轄五火，每火兵員十人，設火長。
到后周時組建基本戰斗部隊編制百人為一個都，都有都頭；五都組編為一個營，營有指揮；五營即組編為一個軍，軍有都指揮使或都虞候，或直接稱軍主；十個軍編為一廂，廂有都指揮使，或直接稱廂主；左、右兩廂編成一個戰略方向的總兵力，一般大約為五萬人上下，由皇帝派出的節度使統帥。