而當行朝遷瓊后，趙昺一直讓殿前禁軍進行整訓，其實是在養兵，每日好吃好喝的補充營養、恢復體力，訓練倒是處于次要地位。導致在前時的保衛戰之時，他也是不敢將他們放在一線，而是作為預備隊使用，防止他們被一擊即潰，誤了大事。
再有大家都知道近現代軍隊的標準一般是指具有以熱兵器裝備的部隊、嚴格的軍紀和完善的后勤保障系統。而當下趙昺雖然努力保證官兵吃好、喝好，并制定了伙食標準和一系列的相關制度，但是仍然由于后勤、補給工作的不良，遂增加了士兵不少雜務，侵占了訓練的時間。
據趙昺觀察和從統計報告中獲知，一般部隊因領取糧草、搬運、采樵和加工原糧等，每個月要占用十天左右的時間，一個指揮的兵丁往往會撥出三分之一的人力經常性的在從事雜役工作。這導致許多入營的新兵難以得到充分的訓練，甚至連號令都分不清楚，這還只是在平日沒有戰事的情況下。
戰時雖有組織起的民夫協助輸送糧草，搬運軍資，不過這是在本土作戰的運輸距離短，又有地方政府協助的情況下，勉強能保證供應。而一旦出島作戰便困難重重，此次征北軍就遇到了，文天祥多次在奏報中稱后勤不能適應軍事要求，一般百姓多會遠避。而舊政權已經潰散，新政權又難以建立，無法有效征調民夫隨軍行動，導致軍隊運輸糧秣、物資等方面發生諸多困難。使得繳獲的物資只能就地銷毀，或是任由百姓搬走，難以轉運回瓊。
所以趙昺在此次軍改中專門成立主管后勤的輜重軍司，以其建立起平時和戰事完善的后勤保障系統，使軍隊在任何條件下都能獲得基本的生活、訓練和作戰物資的補給。他甚至想著采用商業化運作，將一些工作轉包給一些有實力和能力的商家。
除了這些還有一個不能忽視，也無法忽視的問題。宋軍的一般士兵多為農家子弟，他們溫順、有紀律、能吃苦耐勞、服從指揮，可塑性很強，只要經過嚴格的訓練和適當的激勵機制很快就能成為一個合格的士兵，問題最大的反倒是軍官。
宋軍的從前的軍官補充和選拔系統業已隨著敗亡而消失殆盡，就拿自己一手組建的帥府軍來說，基層軍官都是以信任為基礎，而非才能予以任命的，他們很多人前幾天還是拿著鋤頭種地的村民，或是鄉紳、地主，可當他們拿起刀槍之后變成了領兵上陣的軍將。
很多人都是在脛骨連番的整訓和短期的培訓班才掌握了基本的軍事技能和組織作戰的能力，誠然其中有些人具有一定的軍事基礎，或領兵的天賦，更多的只能在不斷的實戰和管理部隊中積累經驗，但這仍難以改變軍隊整體的頹勢。由己度人，其它各軍的情況即便好一些，趙昺覺得相差不會有太大的懸殊。
同樣中、高級軍官的素質也很堪憂，營以上指揮機關的業務極不健全。圖上作業與沙盤教育可以說完全沒有，指揮所與參謀業務的演習，更是完全忽略，既沒有具體的作業計劃，也沒有完備的作戰命令。所以軍隊一到作戰就莫名其妙的出問題，形成了官不若兵的怪象。
在各軍主官的幕僚中很多人都沒有軍事背景，而多是主官的私人。往往很重要的職務，交給一些落伍的軍官或不習軍事的文人來擔任。而軍事領導部門又沒有專門業務的訓練，那些參軍和參議不知道如何管理人事，計算輜重補給的消耗。至于些輔助部門中的官員更多是濫竽充數，甚至于管理物品檢查物品的常識都沒有。
此外，宋軍的指揮和協調系統紊亂，幾無章法。按照軍事指揮系統的程序，身為皇帝的趙昺只要將命令下達給樞密院即可，但他卻不得不越級指揮，一些大的戰斗，他不但要提前親自謀劃，發起戰斗時還得親自指揮，不僅越級指揮到各軍，甚至直接指令到營一級，特殊情況下自己還得親自披掛上陣。