在博鰲避暑三個月的皇帝于中秋節前圣駕悄然回到府城，次日便召開堂議專門研究軍改之事，在各位宰執和部省主官闡述了自己的看法后，趙昺發現經過這段時間的爭論雖然反對的聲音弱了下去，不過仍對實施文武同階存在較大的疑慮和分歧，而高層反對的聲音倒是少了，更多的是來自于中、敵級別的官員和那些未入仕的士子們。
趙昺清楚那些人擔心武人侵占了他們上升的渠道，進而得勢后甚至會斷絕他們入仕的途徑。而眾臣的態度對此也多有曖昧，支持與否也不明了。他清楚這些人也有苦衷，他們誰也不想當出頭鳥，是怕被士人唾棄，成為士族的千古罪人。
所以眾臣各自發言便冷了場，想發言支持的也閉了嘴，而趙昺心中暗自冷笑，他們打得主意就是雙方都不得罪，用議而不決的方式拖延下去，拖到自己沒了脾氣，辯論者失去了興趣，武人們涼了心，軍改之事也就被拖黃了。所以他知道再這么下去等于白費時間，而實施的火候已經差不多了，便著令先放下爭執再議，先行對各部按照新的軍制進行整編。
接著趙昺下旨以軍機處主持軍改之事，樞密院和各部密切配合，務必在十月前完成樞密院及兵部的機構調整。隨后兵部和樞密院各司其職，在年底前按照新軍制完成各軍的整編，三個月后形成戰斗力。并強調此事乃是行朝當前第一要務，有意見可以，但無論何人從中作梗絕不容情，一律以藐視聲明論罪。同階之事在改編完成后再議。
另外趙昺擬重開國子監，欲在明年三月開科舉選才。同時擬以馬廷鸞、王應麟和舒岳祥為翰林學士院學士，鄧文原為崖州府通判，熊禾為瓊州府學學正，謝翱入兵部為郎中。其余來投士子有官身者著令吏部妥善安排，余者可暫入府學學習，可直接參加禮部會試，以示褒獎。
趙昺說完之后，沒有向從前一樣征求眾臣的意見，而是即刻離座。眾臣恭送后，各自對視一眼也悄然散去，他們都明白臣子雖然有駁回的之權，但是君主一旦行事強勢，臣子圖謀干擾帝王的人事安排，當然是不能成功的，宰執也只能退讓妥協，以維護君相一體、相互依存的格局。所以他們都知道小皇帝所言是不容置疑的，他們只能依諭頒布。
不過小皇帝的任命還是讓眾人心中不免忐忑，大家都明白這翰林學士的地位。從日常上看，學士院學士除掌內制及起草宮內各種活動文書外，還有一項侍從皇帝以備顧問、獻納之任，皇帝或問經史，或談時事，或訪人才，或及宰執所奏等等，實際是皇帝的秘書處和參謀官員。
而在強化以皇權為核心的中央集權過程中，翰林學士作為皇帝的智囊、參謀，運用其嫻熟于胸中的歷代典章制度與帝王學的知識，出謀畫策，起了重要的作用。因而翰林學士，被視為清貴顯宦之職，有著“寧登瀛，不為卿”的時諺，號稱皇帝私人，最足以反映士大夫們對翰林學士一職的企羨。而今日之事卻讓人們覺得天威難測
“和父，陛下突然讓馬相等人入學士院，你可知曉一二”眾臣出宮后，劉黻故意落在后邊，見前后都無人輕聲問道。
“吾也是剛剛知曉，此前陛下并未吐露半點風聲”應節嚴回答道。
“陛下突然決定此事，卻又為何呢”劉黻有些納悶地道。他清楚帥府初立時就是個草臺班子，并沒有完善的機構，命令皆出于參議司。直到行朝遷瓊后，小皇帝各部機構健全，但學士院也是有名無實，皇命和圣旨多是處于現在的御前辦或是軍機處，有時也會臨時抓差，碰到誰算誰，并未設專人擬詔。
“對于咱們確實突然，對陛下卻是未必”應節嚴笑笑道。
“嗯，陛下心思縝密，遴選學士如此大的事情，他不會這么草率的”劉黻想想以陛下的秉性確實不會做出這樣的事情，“和父，那陛下這么快便決定此事，而事先又甚至又未與汝商議，真是讓人費解，該不會只是因為安置他們吧”