萬事具備就待開考的時候，突然有士子鬧起事來，稱此次科舉不公。趙昺聽了一激靈，自己此次開科確實有違舊制。每次國家開科動用的財力、物力、人力可想而知。宋朝在英宗時定為三年一大比，也就是所謂的大比之年，就是指這一年有禮部會試。
宋初科舉，僅有兩級考試制度。一級是由各州舉行的取解試，一級是禮部舉行的省試。宋太祖為了選拔真正踏實于封建統治而又有才干的人擔任官職，為之服務，于開寶六年實行殿試。自此以后，殿試成為科舉制度的最高一級的考試，并正式確立了州試、省試和殿試的三級科舉考試制度。考試時間為秋天，各州進行考試。第二年春天，由禮部進行考試。省試當年進行殿試。
當初趙昺考慮到宋朝也是多年未舉行科舉，而瓊州讀書人又少，為了能選拔些本地人才增加了鄉試，以利于更多的人能參加考試。而瓊州地方又不大，不需考生長途跋涉前來，因而在考試時間上也做了調整與舊制大不同。且當時他提出時，眾臣也都沒有反對，便照此實施，可到最后關頭卻又出了麻煩。
趙昺起初以為是那些在府試中落選的士子鬧事，可細問之下卻非如此。原來自去年行朝決定開科之后，不僅瓊州的士子們知曉了此事，這事兒隨著行商和往來瓊州的人口傳到了內陸，并迅速擴散開來。因而許多內地士子也想參加科考，但是許多人卻都是聽聞，并不知詳情錯過了考試時間，失去了參加部試的資格。
起初內地來的士子人少，只能自嘆倒霉，想回去又非那么容易，只能暫時安置下來等待再次開科。可隨著消息的擴散范圍越來越大，不懼險阻跨海而來士子也越來越多，最后聚于府城的達千多人。三人成虎，倍感失落的士子們便聚眾鬧起事兒來，稱此次科舉不公，都是大宋士人為何壞了規矩
獲知真相趙昺也只能長嘆一聲，感嘆世事無常，這些士子也是可憐。想當年大宋朝厚待士人，對他們關愛有加，可誰想到大宋說完就完了。而換的新主子卻對士人并不感冒，開國改號以來二十年未開一科，讓這些士人的日子變得極為艱難起來
以趙昺所知忽必烈在作宗王時，儒臣謀士確實給他幫了大忙，他也假惺惺做了一些諸如“詔軍中所俘儒士聽贖為民”的舉措，無外乎是出于收拾人心，他攻略南宋的主要鷹犬皆是北方漢人將領。但李璮之亂后，忽必烈殺掉與李璮有姻親關系的漢臣王文統，對漢人疑忌心陸增。隨著江南平定，漢人儒生在這位大元皇帝眼中更是失去了任何利用的價值。
至元二年，忽必烈下詔“以蒙古人充各路達魯花赤，漢人充總管，回回人為同知，永為定制。”除此以外，御史大夫“非國姓不授”，各道廉潔司也必選蒙古人為使，實足的土皇帝架派。于是元朝朝堂上出現一種奇怪的現象，南人上朝行禮完畢后，必將兩手背在身后。不知實情的外來者還以為中國南方人喜歡背后手站立以示有風度，其實他們是被迫做反剪被捆狀向蒙古人表示服從。
在政治上，元朝統治者對占人口多數的漢人和南人，從多個方面嚴加防范，即使是加入統治集團的漢人、南人上層，其權力也受到諸多限制。元朝中央統治機構中，總攬全國行政的中書省、掌管軍事的樞密院和主司黜陟監察的御史臺這三個部門的正官，非蒙古人不授。中書省的右、左丞相是統六部、率百司的最高行政官，終元之世，漢人、南人得任此職的僅世祖時作為“元勛宿望”的史天澤和順帝時特賜蒙古姓氏的賀惟一兩人。