上下達成共識后不久，事情果然在向著趙昺預料的方面發展。利用元軍清剿陳吊眼部的時候，許夫人所部在行朝的支持下在江西汀州和福建相鄰的山區周邊站住了腳，擁兵達四萬余，授軍號懷恩，控制了周邊四百里方圓的地盤。其接受了朝廷的封敕，接受改編。
正當趙昺苦于無人領導時，此時正好發現流落于建寧的原江東制置使謝枋得。其與文天祥同科考取進士，理宗年蒙古軍大舉攻宋，謝枋得被朝廷任為禮兵部架閣，負責招募民兵，籌集軍餉，保衛饒、信、撫三州。后元軍進攻宋朝江東地區。謝枋得親自率兵與元軍展開了一場血戰，終因孤軍無援而失敗。
元軍占領臨安將宋恭宗、太后全氏、太皇太后謝氏俘往元朝上都后，謝枋得拒絕降元。五月，南宋景炎帝即位，謝枋得被任江東制置使。于是，他再次招集義兵，繼續進行抗元斗爭，但終因寡不敵眾而失敗。由于元軍的追捕，他被迫隱姓埋名，長期流亡在建陽一帶的窮山野嶺之間，生活極其貧困。他每天穿著麻衣草鞋，面向東方痛哭，藉以悼念已亡的故國。
事務局的探子發現謝枋得后將其送回行朝，當他得知朝廷欲利用許夫人所部建立閩贛根據地時，便自告奮勇前往開府。趙昺以為其忠自不必說，且其有著統領義軍的經歷，在經過一番長談后同意所請，任命其為閩贛安撫使加兵部侍郎銜，又從朝中挑選了一批干吏護送其前往汀州主持大局。而就在他就任不久，江西西康的杜萬一利用白蓮會組織起義，有眾數萬。號社圣人，建元“萬乘”，自稱天王，以譚天麟為副天王，都昌西山寺僧為國師。
建元改制乃是僭越之罪，謝枋得請示朝廷要遣兵鎮壓。趙昺也是奇了怪了，這些人剛剛起事不知埋頭發展，剛剛攻下個縣城就想著稱帝，而那皇帝豈是那么好當的，自己容你韃子也不會放過他的。便下旨令其前往招撫，若是不成再行剿滅。于是謝枋得派人聯絡杜萬一希望其能接受朝廷的招安，共謀復國大計，卻被其拒絕。
謝枋得招安不成便率軍征討，可蒙元江西行省參知政事賈居貞與江淮行省參知政事史粥已欲聯兵鎮壓，他們以一千兵丁偽裝成農商，持仗伏于小船中悄悄駛近他們的宿營地。杜萬一疏于防備，與偽相失手被擒殺。謝枋得則率軍趁混亂之際自背后發動襲擊，將元軍擊潰收其余部，占據了西康。然后派兵襲擊敵驛道，堅壁清野，遣小隊兵丁不斷襲擾，隨著雨季的到來斷糧的元軍不得不退出西康。
次年，盤踞詔安地區的陳吊眼，在完者都和高興及黃華降軍的配合下連下十五寨，迫使其退走千壁洞。陳吊眼在重兵圍困下堅持了兩年，得不到補充已然困頓不堪，接著又連連失敗，內外交困之下接受高興提出的談判建議。卻不知其中有詐，被高興趁其不備放翻擒下，押到漳州斬首。
陳吊眼一死，其父文桂、叔桂龍、弟滿安率眾投降，十萬余眾眼看就要土崩瓦解。而在一邊覬覦良久的趙昺，親率剛剛換裝完畢的御前護軍及第一師、第二師，炮兵第一旅突然自云霄登陸，連敗元軍，擊殺敵征蠻副帥高興，殲敵三萬余。
完者都率殘兵退入漳州，黃華自知不敵向建寧府方向撤退，又遭許夫人率軍攔截，此時潛伏于黃華軍中的事務局探子趁機率眾嘩變，其大驚之下領親信趁夜逃走，余部歸降朝廷。接下來趙昺又率軍連克漳浦、平和、南靖等數座縣城，建立起介于潮州和漳州之間方圓五百里的閩廣邊根據地。
大軍不能久留，趙昺令三軍各留一團為基干部隊，從義軍中選拔青壯組建新軍，授軍號威勝，以謝翱為安撫使在詔安開府。而后留下第一師和第二師的甲仗器械，攜征募的兩萬青壯回師瓊州，兩軍隨即補充軍官和新兵后換裝火器。
兩個根據地建立后，南北呼應，又有瓊州軍支援，而南方元軍攻打占城，征伐日本抽調甚多，一時間竟不敢側目，只能嚴守城池上報朝廷