除此之外，由于長安的地形問題，還面臨著一個與現代同樣嚴重的問題內澇。城內很多民宅、倉庫，多是泥土夯成，因此有時一場嚴重的內澇，甚至足以將整個長安城癱瘓。此外城市道路也并非都是磚石鋪就，頻發的內澇，足以將道路變成水泥路，使得長安城內甚至出現了專門幫人背負行李，過城中那些大大小小水坑的職業。而給這些人帶來就業機會的同時，內澇也給長安城帶來了許許多多大大小小的瘟疫。
有人會說，這不可能，古代早在秦漢時期就知道鋪下水道了，且許多排水工程到現代還在發揮著作用，而長安作為六朝古都絕不會出現內澇的情況。但事實是隋朝開皇二年，隋文帝命宇文愷修建大興城，九個月就修筑完成。但是皇帝給的工期太短，在營造大興城下水道的時候，宇文愷為了節省工程量和時間，并未將鋪設的地下管道連接在一起，而是留了許多未連通的豎管，任由導出的污水自由排放。
而唐長安城就是在隋大興城的基礎上修建的，過了三百多年，朱溫入主長安，劫持唐昭宗入洛陽，其中一個原因就是“長安水苦”，對于這樣一個國際化的大都市來說，長安的地下水源，已經在三百多年的糞便尿液不間斷排放中，受到了污染，變得鹽鹵化，不再適合大規模人群居住了。也因此，從此以后，長安再也沒有成為華夏歷史上王朝的首都，地下水源的污染或許就是統治者們在選定都城時的一個考慮因素吧。
既然唐朝這么遭，那么宋朝有所緩解嗎遺憾的是，答案是否定，甚至因為宋代商業的急速發展，使得城市衛生問題進一步惡化。兩宋最大的衛生問題，其實還要屬城市河流的污染。對于當時的中國城市來說，河流可謂是真正的命脈，它不僅了城市生活的飲用水，同時河流漕運，也是維系著城市運作的重要通道。
趙昺在翻越了一些前人的筆記后，覺得連茶也喝不下去了。他看到城市河流的畫風是兩岸居民，節次跨河造棚，污穢窒塞如溝渠。且僅僅是像河中傾倒生活垃圾還不算，有時民間因有死人之家，無力買地埋葬，便直接將一些尸體拋入河中。如果說河流不干凈，那么井水其實更糟，因為當時很多走投無路之人可見誰都無法確保，你喝的井水，里面是不是泡了什么奇奇怪怪的東西。
在一篇雜記中趙昺還看到這樣的記載，說起來時間還不太長，就是臨安城陷前的事情，曰人家掃除之物，悉傾于門外，灶燼爐灰，瓷碎瓦屑，堆積如山，街道高于屋者至有丈余，人們則循級而下，如落坑谷；糞穢盈路，京師尤甚，白日掀裸，不避官長，體統褻越，小人相習而暗消敬憚之心。
這句話的意思是各家都把自家的垃圾廢物堆在門外，之時街道上垃圾推擠如山，人在上面走就像從山上下來一般。很多老百姓公然在街上大小便，顯然已經超出了這位記錄者的承受力。除了大小便之外，街道內還布滿了人們日常的垃圾和廢物。
說到這，有人可能會說中國古代不是有專門的掏糞工嗎尤其這個時代沒有化學污染，即便是垃圾也都是有機物，可以漚肥的。而這么多的糞便垃圾，那不僅是寶貴的肥料，且是純綠色無污染，正好加以利用，放到現代都是錢，怎會能將之白白浪費。
趙昺以為這些話也不能說全錯，糞便確實是上好的肥料，掏糞工也確實存在，但是誰告訴你他們是不是真心實意的為人民服務呢事實是當時的掏糞是壟斷行業，被黑幫把持，他們為了使得利潤最大化，往往為了漫天要價故意不及時清走糞便垃圾，待其堆積如山后，忍無可忍的市民就會答應掏糞工苛刻的條件，出高價命其清理。