監督機構自然是御史臺。這個機構也是早就有的，只需做出局部調整，趙昺恢復以御史大夫為主官的傳統。過去中唐之後，御史大夫多缺，僅作加官用，御史中丞為實際上的主官。且御史也是為寄祿官，不理御史臺事，監察事務實際由門下省給事中、拾遺等官充任。
此次，趙昺改制對御史臺的權力進行了加強，保留了臺院、諫院、殿院和察院的設置，又將大理寺歸于其管理。如此一來其真正做到了上可對皇帝的錯誤進行指正，中可對百官進行監察，下可對地方胥吏都能進行督查和懲處，且能刑獄案件進行復核，從而實現了對權力的全方位監督。
至于武裝力量當然不能夠由行政機構插手，趙昺依然保留了樞密院，以免重蹈前人的覆轍。當初在中書門下體制建立以后，三省機構依然存在，且三省出入命令的分工在形式上更趨嚴密和完善。但三省與宰相分離，使中書門下成為宰相府署，獨立于三省機構之上。
在這種體制下，中書門下直接指揮諸使、諸郡、諸軍執行政令，宰相對于行政事務的干預越來越強，甚至直接下行過去由尚書六部處理的事務。宰相與君主的聯系更多的作為“參總庶務”的政務官，而不再是“坐而論道”的咨詢者。
這是稱得上是君相關系和國家權力運作方式的重大轉變。而宋前期，也是實施宰相主管民政，樞密使主管軍政，三司使主管財政。而神宗官制改革后，宰相實際兼管財政。南渡后，宰相又兼任樞密使，兼管軍政。這樣宰相再次握有民政、財政和軍政的大權。
趙昺為此還進行了下一步安排，他保留了皇帝任命丞相的權力，并將權力進一步拆分。中書門下省和尚書省又不設主官，卻由兩相分領即是防止出現宰相專權，從而導致出現獨相的問題。而為了解決部門間各自為政的問題，他沿襲了中樞部門的首腦官署和正副宰相集體處理政事的做法。
所以實際上國家的最高權力是掌握在群相的手中，而政事堂才是最高權力機構。趙昺久煩于政事，因此早就一改日日早朝，為五日小朝、朔望大朝。那么正好借此形成旬日開政事堂議論國家大事，朔望召開大朝會，如此是官員可以有更多的時間處理公務，而不是天天拜見皇帝。而他自然也能偷閑，參加大朝會更多的是表明自己還活著，仍然是國家的最高元首。
能夠參加政事堂會議的，趙昺設想分為三種一種是日常會議，另一種是常務會議，再一種是擴大會議。
日常會議由中書門下省左右兩相、尚書省左右兩相、知樞密院使及御史臺御史大夫參加，對國家日常政務進行討論，做出決策后形成文書報皇帝審核批準后執行，輪流由中書門下省和尚書省主持討論；常務會議則由皇帝參加并主持，對近期發生的重大事件進行討論和做出決策。