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按照趙昺對國體的設想，要分成兩大部分，即內廷和外朝。內廷自不必言，那是他自己的后花園，可以自己做出相應的調整。外朝則分為決策、審核、辦事、監察及武裝五個大方面，由此衍生出相應的下級機關。
根據歷朝的經驗，由于三省事權分立，往往產生弊端，尤其是掌握出令權的中書省和掌握政令審核的門下省不時因政見不同而互相扯皮、推委搪塞。中書門下合二為一的制度可以提高行政效率，趙昺以為可以參照設置，但是對其的職能要做出調整。
中書門下省作為國家的最高行政決策機關，負責國家法律的制定和修改，并監督律法的實施；制定國家的發展戰略，規劃經濟的發展目標；根據皇帝的提名，審核三品以上官員的任命；根據皇帝和相應部門的提名，審核和授予國公一下爵位；負責審查和批準地方建置和區劃；審查和批準國家預算及執行情況；對外政策的制定；對于皇室相關問題進行建議等等。
中書門下省設左、右相，分管中書和門下事務，由正一品或從一品官員擔任。下設國是院、政務院、律政院、總計院、督察院、審刑院和事務司。以六院一司組成中書門下省的構架，分由三品及從三品官員組成。各院設知事領院事，稱知某院事，院以下設案分管諸事，以主事領之。
趙昺將過去由自己控制分管預算和資金管理的總計司，從內廷剝離，成為中書門下的機構，又外朝管理國家財政的預決算。看似放棄了財權，其實也是給自己減負，如今國家財政已經過于依賴內庫，有事沒事就跟他要錢，長此以往他也負擔不起，不若兩廂分算。
尚書省是國家行政事務的具體執行機構，領六部處理一應事務。但是過去趙昺實施的是三省合一的制度，以此來提高行政效率。但是尚書省就成了集決策、審核及執行三政合一的機構，權力過去集中，從長遠看并不利于國家的發展，且尚書左、右相的權力太大，足以威脅皇帝的地位。
此次改制就是將尚書省的決策權和審核權分離出去，使它回歸本來面目，只作為事務機構存在。其的機構和事務經過幾次調整，早已成熟，保持現狀即可，并不需要做出大幅度的調整。仍以左右兩相分領尚書省，設參知政事協助兩相工作。
不過為了體現中書門下省是國家最高行政機構，尚書省左、右兩相的品級，趙昺將其下調為從一品或是正二品，而六部尚書也相應調整為從二品和正三品。