三公九卿的構造唐代是寺最多的一朝，統共有九寺，分別為大理寺、太常寺、光祿寺、衛尉寺、宗正寺、太仆寺、鴻臚寺、司農寺、太府寺。這九寺級別低于六部，負責國家具體事務。宋代沿用了唐代的九寺之職，只是各寺職權做了相應的調整，地位與部相當，也是國家的常設機構。
首先上文已經提到的大理寺。商周時期，中央司法官之名為大理，即“整理律法之官”，此“大理”非云南大理自治州的那個“大理”。至秦漢時期，大理改名為“九卿”中的廷尉。廷尉的職能是掌管天下刑獄之事，廷尉的辦公之處又叫廷尉署。
影視劇中，太常寺的出鏡率雖不如大理寺，但在古代，它的重要性不比大理寺低。在中國古代社會，定期祭祀先祖是國家大事，同時，王朝的禮樂教化更彰顯了政權的權威。而太常寺就是王朝禮樂、祭祖慰天的最高機關。漢代獨尊儒術后，太常寺的地位得以穩固。
“鴻臚”一詞，東漢學者應劭解讀為“鴻，聲也；臚，傳也，所以傳聲贊導，故曰鴻臚”。也就是說，“鴻臚”代表著傳達信息，指代的便是對外交往。中國古代王朝對于各國朝貢交往極為看重，往往給予前來朝貢的國家使節封侯以賞賜和禮品，招待使節食宿，這就需要設置一個專門接待外國使節的機構，這個機構就是鴻臚寺。
光祿寺的職能和太常寺有部分重合，兼管皇家的祭祀和朝會之事，但光祿寺的發展歷程類似大理寺，直到北齊時期才設置正式的光祿寺，位列“九卿”之一。簡單來講，我們可以把光祿寺理解為皇室專屬的后勤機構。每到皇帝要舉辦大型朝會時，光祿寺負責準備酒宴和場地，太常寺準備禮樂，一同把朝會搞得熱熱鬧鬧的。
太常寺管禮樂，光祿寺管飲食，太仆寺則管馬政，負責古代戰略物資馬匹的儲備與皇室成員的交通出行。秦漢時期，由于騎兵作戰需求的大幅增加與交通出行的需要日增，朝廷設置太仆卿，負責掌管全國的養馬業，以及皇室的輿馬車駕。
太仆寺的建立，不僅方便了皇家出行，更為國家的養馬業發展、騎兵部隊的組建發揮了巨大作用。歷朝歷代都沿用了太仆寺制度，并不斷加以完善，表現為管理的官署越來越多，可以供太仆寺征調的資源越來越廣。如果說大理寺為保障國家的治安了重要助力，那么太仆寺為國家的國防與交通運輸做出了巨大貢獻。
而唐朝九寺中的其它四寺，宗正司、司農寺、太府寺和衛尉寺，則變化較大，有的并入其它部省，有的則被廢除或改建。在瓊州時，為了提高行政效率，趙昺實施的是三省歸一的體制，將太仆寺并入兵部，司農寺并入戶部，鴻臚寺和太常寺并入禮部，宗正寺改為宗正司由內廷管理，衛尉寺的職能由護軍親衛旅代替。余者暫時不設官員管理。
其實除了九寺外，還有監、院的設置。如作為古代教育體系中的最高學府國子監；掌管歷法和天文的司天監；兵器制造和研發的軍器監；掌管宮室建筑，金玉珠翠犀象寶貝器皿的制作和紗羅緞匹的刺繡以及各種異樣器用打造的將作監；掌管舟船及水運事務、川澤、津梁、舟楫、河渠等事的都水監及醫藥衛生的太醫院等等。
所謂存在即合理，監、寺等機構的設置本意只是協助三省六部更好地處理事務。吏戶禮兵刑工六部加上三省大多都只能處理內部、中央和一些緊急的事情，并也只能粗略處理，而一些不緊急的和一些需要細微處理的事情就由寺監管轄。甚至有一些九寺中的官署，慢慢隸屬于六部，成為六部的一部分。
其次就是古代分權制衡思想興盛，三省六部制的思想也體現了分權意識，而寺監也在一定程度了分割了三省六部制的權力，加強中央集權，鞏固封建統治。且監寺都是一些專業性比較強的部門，為了更好的服務和處理相關政務，所以被單獨歸納出來成為單獨的機構。
而當下監、院等機構也被趙昺拆的七零八落，司天監和國子監歸于禮部管理，太醫院基本上是由趙昺直接領導，其他人插不上手。都水監改為都水司，劃歸工部管轄，而都水軍則又由兵部主管。至于將作監和軍器監雖然掛在工部名下，實際上皆由內廷管理，直接向皇帝負責。
正是因為這些監、寺、院承擔著國家一定的行政職能，在必要的時候甚至能夠取代六部。所以趙昺知道兩人是擔心自己會將這些監、寺和院等機構劃入內廷，以增強皇權。而他們也知道有些事情自己不干，皇帝就可以讓內廷機構接手，跳過朝廷的監管，以致失去管控。
現在趙昺對于內廷的設置皇帝避而不談，他們當然擔心朝廷會被內廷挾制，因而也持保留意見，以便可以從容應對，而當下問及也可以理解為試探