最讓王應麟感到欣慰的是小皇帝對儒學的看法，并非持非黑即白的態度，而是希望儒家秉承經世的傳統，對自身進行革新，以適應新的形勢發展。且小皇帝對于儒學沒有門派之見，也不反對學術之爭，希望他們能夠屏棄門戶之間，共同為大宋的發展出力獻策。
不過王應麟也聽得出來，小皇帝對于利用學術認識上的不同而挑起黨爭，搞黨同伐異那一套，進而影響革新十分厭惡。當然為了實現大計，制定的政策肯定也會在不同階段不可避免的有一定的傾向性，但是為民為國政策不會變，大義為先的宗旨不會變。
王應麟相信若是陛下能夠如今時所言，一定會爭取到大多數士人的支持，贏得士大夫階層的擁戴，使得機構改革能夠順利推行，新政得以實施。當然他也知道做任何事情都不可能一帆風順，革新中也會有些波折，但不會如同前時那樣慘遭失敗，無果而終
謝枋得卻是另一番心思，如今他基本已經認同了小皇帝的義利之道，最大的義就是以民為本，而與之相悖的就是不義，且這與歷代儒家先賢的治民思想相合。作為統治階層的士大夫們則也要維護這個義，這不僅是對圣人們經世理念的身體力行，也是儒家存世之本，否則必然會被歷史淘汰。
在與陛下的談話中，小皇帝曾引用秦時名相李斯五帝不相復，三代不相襲，各以治；非其相反，時變異也之語。他明白其中意思是說五帝各有各的一套，各不相同，三代也各有各的一套，各不一樣，但他們都把天下治得很好，這是什么道理呢這是因為辦法制度不同。為什么要用不同的辦法制度呢這是因為時代變了；時代變了，制度就得變。
謝枋得清楚陛下之意是讓他們要如同李斯一般從時代發展上看待問題，但其中對其采用以古非今的思想加以嚴厲的禁止的做法進行了批評。但他也明白制度的革新必然伴隨著血腥，始皇帝為了推行秦法，首先就決定焚書
“史官非秦紀皆燒之。非博士官所職，天下敢有藏詩、書、百家語者，悉詣守尉雜燒之。有敢偶語詩書者棄市，以古非今者族，吏見知不舉者與同罪。令下三十日不燒，黥為城旦。所不去者，醫藥卜筮種樹之書。”
思想是從書籍中保留下來的。從這些焚書和懲罰辦法中藏書不燒，只是黥為城旦，但偶語詩書的卻要棄市，以古非今的卻要滅族，可知焚書是手段，禁止以古非今的反對秦法的推行言論才是目的。
焚書的次年又發生坑儒案，秦始皇在咸陽活埋了四百六十個儒生。坑儒雖是因為侯生、盧生為始皇求仙藥不得而逃亡，激起秦始皇的惱怒所引起，但秦始皇坑儒的原因卻是侯生、盧生在別人面前誹謗他，破壞他的威信。他坑殺四百六十個儒生，也因為他們“為妖言以亂黔首”。