之后，各地爭相效法，紛紛建立書院，延聘名師碩儒，聚徒講學。二十幾年后，竟蔚然成風，書院得到迅速發展，呈鼎盛之勢，直到南宋理宗朝才達到高潮，共有書院五百余所，大部分集中分布在文化繁盛的江南之地，以江西、湖南、浙江、福建為最多。
南宋書院的勃興，不僅表現在數量大增，而且規模也有所擴大。更重要的是表現在制度上進一步完備和教育活動的內容、形式進一步豐富充實，已建立起一套比較完備的制度。從辦學宗旨、培養目標、教學內容和方式，以及教師的選聘、學生來源及條件、經費籌集和組織管理等，都有了比較明確的規定和比較穩定的條例。
南宋書院的規模進一步擴大，設施也漸趨完備，而且形成了較穩定的建筑格局。一般書院多由祭祀設施、藏書樓、講堂、齋舍、生活設施五部分組成。講堂多達十余間，齋舍百余間，容納生徒和來訪者數百人。教育的內容和形式日益充實和豐富，特色更為突出和顯著。
南宋書院數量多、規模大、地位高、影響廣，差不多取代了官學，成為當時許多地區的主要教育機構。而讓趙昺感到哭笑不得的是南宋的書院卻都標榜反對科舉，提倡和鼓勵學生向顏淵學習，追求一種“孔顏樂處”的精神境界。
朱熹在復興白鹿洞書院時，就反復勖勉學生不要參加科舉，不要只想做官，不要追求利祿，應當牢記古代圣賢教人為學之意，講明義理，以修身心，然后推己及人。要像顏淵那樣，居陋巷而不改其樂，鉆研賢圣經傳，只求明誠兩進，德業雙修，道藝并進。
趙昺以為造成這種局面，誠然是以官學的衰落和科舉制度的腐敗是互為因果的。在一定意義上說，正是科舉制度的腐敗，進一步加劇了官學的衰落與書院勃興。導致許多士人對官學的批評多從抨擊科舉制度的弊病著眼的。
南宋學者創書院講學，讀書士子熱心于求學書院，卻又與高宗支持書院發展的愿望相悖，他們不同于唐末五代的士人隱居山林，以避戰亂的消極心態。朱熹等人也并非真的超俗出世，而是希望造就具有“德行道藝之實”的人才，以匡正天下，挽救世風世俗。
讓趙昺覺得就像現代人以為殺生是件極為殘忍的事情，主張保護動物的生命權，但是卻又抵御不了肉真香的誘惑，成為一個令人啼笑皆非的矛盾體