不過趙昺以為北宋時期，太學生盡管參政熱情很高，敢于針對時弊上書，但還是在可控范圍之內，畢竟這一階段是以官學為主。而皇帝對于學亂的忍讓除了出于祖宗之法的考慮外，也是為了對其加以利用，使之成為制衡朝中重臣、維持自身統治的工具。
不過在靖康年女真渡過黃河，攻陷汴京，擄走二帝后，形勢發生了逆轉。高宗皇帝在金兵的進逼下，南渡建康，又由建康逃至揚州。建炎三年再由揚州逃至鎮江，然后經蘇州，逃至杭州。接著至明州，到昌國下海，才躲過金兵的追擊，最后避難于杭州，紹興八年正式建都于此。
前后經歷了多年之久的逃亡生活，高宗皇帝自然顧不上什么百年大計的興學設教了。直到紹興十二年，才將臨安府學增修為太學，第二年又增建國子學，增收太學生。州縣學也相繼恢復和重建，但是太學和州縣學多有名無實。
趙昺以為在這個時候，高宗皇帝對于興辦官學的態度并不積極，而導致其思想的轉變既有現實的問題，也有政治上的考量。
北宋興學運動，提高了官學的社會地位，官學學生論陳時政，已成風氣，尤其是太學生成為一股強大的政治勢力。至南宋時，太學生伏闕上書，干預朝政的聲勢更強烈，造成相當大的社會影響，給他帶來很大的壓力，使他感到與其發展官學，不如鼓勵讀書士子在深山寂林創設書院閉門讀書、潛心修養更為可靠，至少可以減少許多麻煩。
另一方面還有經濟上的考慮。北宋興辦官學，上自太學，下至州府縣學，一切費用概由官府負擔，需要大批經費，而國家經濟實力又不足以維持數量眾多的學校。南宋時，國家財政更為困難，盡管高宗曾宣稱“朕不惜百萬之財以養士”，究竟不免因實際困難而發生動搖，以“軍食未暇，國家削弱”為由緩議恢復官學。
此外在民間，許多名士大儒也認為官學教育已經不能滿足國家“建國君民”、“化民成俗”的需要，讀書士子也深感在官學難以學到“德行道藝之實”，也對官學失去了興趣，多自尋名師，求學問道。而有識之士在激烈抨擊官學教育弊端的同時，轉而積極從事私人講學活動。
基于此，從政治上高宗皇帝總結北宋發展官學，而忽視書院，造成更多的社會矛盾的教訓中，深感支持書院的發展是有利的。朝廷也感到官學教育極不景氣，經費困難致使官學時作時輟，難以維持，卻苦于回天無術，只好也轉而支持民間或私人創辦書院，以補官學之不足，以救官學教育之弊。
因而自籌經費，置田設學的書院所有的獨特優勢，遂應運而盛。當然南宋書院教育的勃興并不是一開始就形成的，而是經過了一個相當長的醞釀過程，其始發軔于朱熹于淳熙六年復興白鹿洞書院，又于紹熙五年復興岳麓書院。名聞天下的兩大著名書院的相繼復興，為南宋書院的發展起了直接的推動作用。