而這種治學態度之下，盛行于后的理學在還正式確立為官學以前，就容易激化為類似慶元那樣的黨爭；在理學認定為官學以后，很容易滋生出一批應景的假道學。這是從理學本身來考量。也為后來朝堂上的爭斗和學亂埋下了隱患。
在南宋政治環境惡化之際，知識分子還能否“獨善其身”不可否認，在、韓侂胄、史彌遠與賈似道專政時代，那時知識分子中也有鮮廉寡恥之徒，鉆營進入統治集團的權力體制，迎合當局專制的政治意識。但那些有自己獨立價值追求的知識分子，大部分寧愿閑居不仕，不再入朝為官。
知識分子獨善其身，無非要有三個空間生活空間、學術空間、政治空間。南宋即便類似慶元那樣的黑暗時期，這三個條件也仍然具備。
生活空間上，宋代有這個條件，哪怕不去擔任實職性差遣，還可以領取一份薪水，這是宋代優待士大夫的政策。例如陸游，即便閑居在山陰老家，只要沒將他從官簿上除名，其俸入還可以保證最基本的生活水準。所以在籍士大夫官僚即便不在朝任職，也能保持起碼的生活空間。
另外國家權力取締書院，知識分子仍留有一定的學術空間。國家權力盡管可以流放知識分子中的反對派，但限于不殺士大夫與上書言事人的祖宗家法，卻無法在肉體上消滅他們，這在為知識分子預留政治空間這點上，還是很重要的。
從外部來看，宋代最高統治者對宋學各派所取的態度，不外乎接受、壓制與調和三種選擇。宋神宗起用石變法，可以視為接受的模式。南宋前期，對王學以及洛學，采取不同程度的壓制方式，其極端就是慶元。第三種是調和的模式，從寧宗后期起到理宗時期，國家權力把理學確認為官學，吸納進主流統治思想里。
但必須強調的是市民社會、經濟大潮與知識分子的獨善其身，并不是截然對立，相互排斥的。由于宋學價值觀的確立，盡管其內部也有過王霸義利之爭，但即便是強調利欲合理性的那些學者與士人，在講功利，講利欲時，也秉持著理性的態度，主張有一種自覺的約束。
因此也會有一部分士大夫去做官，期待通過自己的入仕，尤其通過提升皇帝的內省功夫，來達成他們內圣外王的政治追求。于是，就有朱熹那樣熱衷于當“帝王師”的士大夫學者。而一旦連帝王師也當不成，徹底碾碎了其“外王”夢后，還可以退出廟堂，疏離政壇，閑居不仕，獨善其身地從事自己的學術研究與學派傳承。
理學奠基于北宋時期。周敦頤、二程、張載、邵雍等人，反對漢唐經學教育只重章句訓詁、箋注，主張為學要講究明心養性，講明義理，認為仁、義、忠、信不離乎心，本源于理，正心、誠意、修身為為學之本，必須以易為宗，以大學、中庸為體，以孔、孟為法，構建起理學的基本體系和框架。