《刺客信條：起源》豐富的劇情，很快就成為玩家們討論的重點之一。
在《刺客信條：起源》中，一共有5個大章節，120個以上的主線和支線任務。除此之外，還有十幾個古墓探險任務和各種各樣的全收集元素，比如莎草紙、石環和同步點等等。
這些支線任務從內容上來說，簡直可以說是無所不包的，涉及了戲劇、賽馬、詩歌、哲學、商販、武器鍛造、幫助鎮民、刺殺等方方面面，可以說，數量眾多的支線任務簡直就是整個古埃及的生活全景圖，囊括了各個領域，呈現了一幅高度完善的立體畫卷。
在這里，古埃及各種身份、各種職業的人，他們的生活全都在玩家眼前展露無遺。
在剛開始的時候，很多玩家覺得這些支線任務和MMORPG差不多，無非就是跑路、找人、殺人、收集，只是為了給玩家找點事情做、強行延長游戲時間。但隨著劇情的不斷推進，玩家們很快就發現這種觀點是完全錯誤的。
《刺客信條：起源》中，支線任務分布在巴耶克去往的各個城鎮，每個城鎮都有不同的風土人情，任務也各不相同。在A城找人，在B城又繼續找人的重復任務，在《刺客信條：起源》中基本上沒有出現過。
而且，這些支線任務還會對主線任務起到補充說明的作用。在一些充滿著陰謀的主線任務之前，玩家如果提前完成了支線任務，會獲得一些關于主線任務的蛛絲馬跡或者是隱藏的線索，雖然并不足以改寫主線劇情，但這會讓玩家覺得整個區域的劇情設置更加合理、完整。
很多人在通關《刺客信條：起源》之后，會有一種莫名的真實感。
按理說，這款游戲在劇情設計上的兩個因素是和“真實感”背離的，一方面是劇情中出現了很多的歷史人物，比如凱撒、埃及艷后、布魯圖斯等等，這些都是歷史上赫赫有名的人物，與玩家天然就存在著一定的隔閡；另一方面，《刺客信條：起源》中有大量的原創劇情，比如伊甸碎片、神殿遺跡、刺客組織等歷史上完全沒有明文記載的內容。
但是，為什么會給人一種高度的真實感呢？
很多玩家在深入玩過之后就明白了，這種真實感主要來自于對古埃及社會的完美復現。
從貼圖、布景、建筑、服飾，到人物的衣著、行為習慣、動作神態，《刺客信條》起源全都在認真考據，嚴格按照歷史上的資料來做。所以，在《刺客信條：起源》中的埃及，不會給人任何“出戲”的感覺，無數的細節融合在一起，讓人非常容易沉浸進去。
種種豐富多彩的支線任務，讓巴耶克能夠深入那個歷史時代，去體驗無數小人物的人生。
比如，那個被“仙人跳”的丈夫、販賣假貨的攤販、打造戰車卻被殺害的鐵匠、爆發了古怪疾病的貧民窟居民……
每個小人物都在這個亂世中遭受著苦難，有些被巴耶克救了下來，有些就這樣如草芥一般的死去了。這就像是真實的人生一樣，在那個民不聊生的亂世之中，普通人根本無法主宰自己的命運，只能寄希望于一個黑暗中的組織能為他們伸張正義。
所以，數量眾多的支線任務讓玩家能夠更加深入地體會到埃及人民的日常生活，也就讓整個游戲的劇情變得更加“接地氣”，沖淡了前面提到的“不真實感”。