鄭芝龍得知之后自然是大發雷霆，一面派船追捕逃走的屬下，一面將鄭芝豹叫到書房狠狠地訓斥了一通。訓完自己兄弟之后，鄭芝龍倒也沒忘了亡羊補牢，下令澎湖所有港口碼頭進行管制，沒有鄭芝龍的手令，任何人不得駕乘百料以上的海船出航。
鄭芝龍現在的處境的確十分艱難，雖然已經與各個大頭目商定了撤往海外，但撤退計劃一直未能完全定下來。毫無疑問，對岸如果知道十八芝選擇撤離，很有可能會銜尾而至，趁十八芝撤退期間發動進攻。而十八芝在澎湖有上萬屬下，加上家屬足足有三萬人上下，并不是一朝一夕就能全部撤走的。留下來墊后的，很可能就會被對岸的大軍給堵在澎湖。
為了能夠早日定下撤退的計劃，鄭芝龍不得不自己先站出來，從他的直屬人馬中抽出一千人負責墊后，而其他各家頭目則通過抽簽的形式，抽出四家來再湊一千人，總計兩千人留在澎湖主島上，作為最后一批撤離的人員。同時鄭芝龍也特地派了數艘快船前往漳泉附近海域，監視聯軍的動向。
而海峽對面的聯軍自然也沒有閑著，加緊了在海峽內的巡航力度，雙方在四月中旬的短短數天之中，就在海上交手了好幾次。不過十八芝一方明顯吃虧多一些，因為聯軍派出來巡航的船只幾乎都裝備了產自海漢的火炮，而十八芝的偵察船為求輕快，船上基本不會配備任何重武器，雙方一旦接近到一定的距離，聯軍一方的火炮就會讓十八芝的海船嘗到只能挨打不能還手的滋味。
到四月下旬，十八芝的船已經不敢在白天靠近金門島附近海域進行抵近偵察，只能選擇入夜之后才從比較遠的地方駛到近處進行觀察。這樣的偵察效果自然好不到哪里去，只能大致地判斷出聯軍一方的艦隊規模。鄭芝龍所獲得的報告，也只是三百到五百艘船這樣一個比較模糊的數字。
盡管十八芝手頭可用的船遠遠不止百艘，但鄭芝龍也明白自家的船跟對手的船比起來并不在一個實力層面上，南日島的教訓已經充分表明了雙方的實力差距，鄭芝龍也并不打算再用自家的海船和兒郎白白去給對手刷戰績了。
四月底，去琉球和浙江考察環境的兩支船隊也先后回到了澎湖。浙江方面傳回來的消息讓十八芝的大頭目都是心中發涼，沿海島嶼較多的臺州府、寧波府都加強了對近海的防御力度，甚至要求島上的住民暫時回遷到大陸上，避過這段風頭再說。而浙江方面的反應如此之大，據說就是來自于福建官府向其的資料，表明了十八芝將在四五月之間攻打兩省的松門衛、昌國衛、觀海衛等地。
鄭芝龍當時就在書房里摔了價值數百兩銀子的海漢制崇禎元年限量紀念版五彩玻璃硯臺，大罵海漢人心狠手辣不是東西。作為當事者，他當然很清楚十八芝并沒有在近期大舉攻打浙江海岸的計劃，雖然派出了船隊前往浙江勘察，但目的也僅僅只是希望能在浙江近海拿下一兩個無人島，以作今后貿易中轉所用。然而海漢人制造出的這個虛假消息，卻使得浙江官府神經緊張，加緊了對沿海地區的防御部署，使得十八芝很難再在浙江沿海順利立足至少在近兩個月是不太可能了。
十八芝當然也可以選擇強行攻打，但問題就在于已經輸不起，一旦戰事不利，連后退的地方都沒了。鄭芝龍不敢冒這個風險，所以只能把注意力投向琉球，那里基本算是十八芝的最后一絲希望了。