在經過仔細盤算之后，鄭芝龍將出發的日子定在了農歷立夏這天，即1632年五月五日，爭取趕在梅雨季節到來之前完成這次大規模的逃亡行動。
鄭芝龍沒有急于公開宣布這個消息，因為他也知道手下龍蛇混雜，島上肯定會有福建官府的奸細，也保不齊有那貪圖富貴之徒，聽到消息之后就會叛逃報信。因此他定下計劃之后，也只是告知了大頭目當中的鄭芝豹、鄭芝莞、鄭芝鳳、洪旭、甘輝、施大瑄等幾個家人和親信。類似李魁奇、何斌、郭懷一等貌合神離的頭目，鄭芝龍連半點口風都沒有露。
不過世上沒有不透風的墻，盡管鄭芝龍試圖將秘密保守到出發之前兩三天才公開宣布，但由于十八芝內部的保密制度并不嚴格，相關的消息還是在幾天后就傳揚開了。對于前途惶惶不安的海盜們在得知鄭芝龍已經下定決心不作抵抗就放棄澎湖之后，人心更是難以再凝聚到一起。
4月28日，海盜頭目何斌、郭懷一率部叛逃，一下子拉走了六十多條船和近千人。他們并沒有選擇前往福建投降，而是去往了大員港，選擇投靠荷蘭人。在他們看來，荷蘭人在大員港所興建的熱蘭遮城已經初具規模，遠比跑到千里之外的陌生荒島上可靠得多。
既然福建官府愿意主動出力解決海漢力有不逮的后勤運輸問題，那么海漢這邊也的確就沒什么其他的后顧之憂了。剩下來需要討論的，就是雙方如何在行動當中能協調一致，做到令行禁止。
這種跨陣營的指揮體系在大規模作戰中無疑是一個難題，而且此次戰場是無邊無際的大海，各支部隊之間的聯絡通信手段往往只能依靠旗語和煙火，戰場上的溝通效率也會受其影響。去年兩次在南日島海域作戰期間，海漢海軍和福建水師多數時候都是分開行動，一個很重要的原因就是因為雙方在指揮體系上的差異沒辦法在短時間內得到融合。
不過南日島戰役之后的半年多時間里，福建水師倒是有了不少機會和駐金門島的民團海軍一起合練。加上福建明軍中本來就有不少將官曾經接受過海漢的短期軍事培訓，合練起來進度倒也不慢。時至今日，提前數月到金門島與海漢海軍合練的數艘海漢造戰船已經基本能夠跟上海漢的節奏了。
但這也僅僅只是福建官府此次參戰的其中一支軍隊而已，此次將要出動參戰的船只將多達三百余艘，與海漢海軍提前進行過合練的不過十之二三。當然了，福建水師并沒有這么多戰船可用，其中有一多半是從漳泉兩州臨時征調的民船，在戰時充當運送士兵和物資的工具。而這些臨時征調的船只在此之前并沒有經過專門的訓練，福建水師所能做的也就只是派出一些水兵到這些船上去擔任領航和指揮。
如果在海上爆發大規模的混戰，這些船只未必能如臂指使地發揮出應有的作用，反倒是容易因為溝通不暢而拖了自己人的后腿。因此在開戰之前，雙方就必須要先商定一些戰時溝通、辨識身份以及處理突發狀況的辦法。