海漢在開戰之前做了大量的準備工作，甚至為了實施登陸作戰，還專門進行了船體改造和登陸演習，所花費的人力物力財力都不是小數目。不過從目前的狀況來看，這些準備工作似乎都顯得有點多余了。第二艘運兵船已經順利靠岸，當兩個連的陸軍下到岸上架設起一道外圍防御線之后，幾乎已經可以確定十八芝很難再組織起有效的反撲把海漢民團重新趕下海了。
“我認為這可能是因為十八芝的主力作戰部隊已經撤走了。”錢天敦發表了自己的看法“想必鄭芝龍現在已經不在馬公港了，不然也不至于亂成這樣，這分明就是樹倒猢猻散的景象。”
錢天敦所料的確不差，鄭芝龍在派出了第二支船隊后不久，便離開了馬公港。不過他并不是從這里乘船出海，而是折向澎湖島內陸，橫穿澎湖之后，在島東北端的白坑漁村搭船出海。
鄭芝龍之所以選擇這種比較麻煩的撤離方式，也是有他自己的安全考慮在里面。首先如果他在眾目睽睽之下從馬公港率先離開，那么對于仍然沒有來得及撤離的人員來說無疑會有一種被拋棄的感受，很容易引發大的混亂不說，而且對他個人在十八芝中的形象也會起到負面影響。其次他很擔心對手的船隊隨時殺到馬公港，那時候即便船已經出海，也很難逃過海漢人那種高速戰船的銜尾追殺，因此他選擇了從澎湖島的另一頭出海，在離開澎湖海域之后再尋求與大部隊的會合。
值得慶幸的是鄭芝龍所派出的兩支阻擊船隊雖然都很快戰敗，但的確為十八芝爭取到了非常寶貴的一段撤離時間，島上的青壯幾乎都已經在聯軍艦隊抵達之前一個小時撤離了馬公港，以最快的速度往北方逃竄。被聯軍艦隊堵在馬公港的，幾乎都是散兵游勇和裝載閑散人員的船只了。
“追嗎”王湯姆看著已經接觸到海平面的夕陽，征詢顏楚杰和錢天敦的意見。
“算了，安全第一。今天還是先把馬公港清理下來再說，明天再派船隊去攆一攆十八芝的屁股吧。”顏楚杰稍一猶豫，最后還是選擇了放棄追擊。
錢天敦對此也持比較慎重的態度“這里島嶼眾多，我們對澎湖附近的海域又不熟悉，打夜戰太冒險了，也沒有冒這個風險的必要。還是先緩一緩，等明天再讓艦隊清理附近海域。”
兩名同僚都建議穩重應對，王湯姆也不會堅持冒險作戰，當下便通過電臺通知另外兩支艦隊，讓他們收攏隊伍，開始對馬公港碼頭進行清理。同時派船通知福建水師，讓他們派船往南北兩個方向沿海岸線進行搜索，看看澎湖島沿岸是否還有尚未來得及撤離的海盜船隊。
在意識到大勢已去之后，滯留在馬公港未能來得及撤離的數千人沒有再進行無謂的抵抗，大約三分之一的人選擇了就地投降，剩下的人則是抱著僥幸心理撤向了內陸，指望敵人對澎湖的攻打只是短期行為，打完這一波之后就會撤回大陸。