顏楚杰也沒有急于讓部隊連夜進行搜捕，而是在馬公港劃定了駐扎區，讓運兵船和貨船能偶盡快入港停靠。這次的聯合行動，海漢與福建軍方總共投入了近萬作戰人員，還動員了幾乎數目相當的民夫負責后勤輜重。不過開戰之前的種種擔心，現在看來都已經不會出現了，十八芝接連駛出丟車保帥的招數，已經表明了他們沒有打算在澎湖島上再組織像樣的抵抗。這樣一來聯軍要實現占領澎湖的作戰意圖就十分輕松了，只要逐島進行清理就行。
在軍官們上岸享用晚餐的時候，福建水師送來了另一個消息，根據之前海戰所俘獲的海盜交代，下午在海上交手的第二波海盜船是由十八芝首領之一的鄭芝莞指揮，而鄭芝莞本人的坐船已經在交戰中被海漢艦隊用火炮擊沉，估計是不太可能生還了。至此十八芝的首領中已經有三人戰死，三人被擒，這個戰果已經足以讓福建官府對朝廷和兵部都有所交代了。
入夜之后，許心素為首的福建軍方高層也全部在馬公港登陸上岸，與海漢指揮人員磋商接下來的行動安排。
“明天我們會派出兩支艦隊繼續往北進行追擊，杜絕十八芝回頭的可能。”顏楚杰言簡意賅地說道“另外希望明軍能夠配合我們對島上展開地毯式的搜索，把可能隱匿在島上的海盜殘余分子清理干凈。”
“顏將軍放心，雖然水師在海戰中出不了多大的力，但在島上搜捕海盜一事，本官定會親自督辦，務求將殘敵一網打盡”許心素立刻拍著胸脯表了態。
盡管雙方這次是用混編的方式組織了聯合艦隊，但真正開打的時候，也只有幾艘從海漢購買的新式戰船在一線參與了戰斗，而明軍水師的其他船只都只是在外圍控場撿漏。許心素出錢出力，也是抱著鍛煉自己親軍的念頭，不過十八芝主力都已經逃了，接下來顯然沒什么大仗可以練兵了，也只能把這搜島的差事當作主要任務了。
當天晚上，又陸續有人趕到馬公港的聯軍駐地投誠，其中還夾雜著好幾個福建官府安插在澎湖這邊的探子。根據這些人所的情報，聯軍指揮部基本可以確定十八芝的主力已經撤離了澎湖，乘船北上前往琉球的某處島嶼。而目前仍然滯留在澎湖列島上的十八芝人員，至少還有四五千人之多。不過剩下這些人里面已經沒有多少窮兇極惡之徒，在缺乏組織的情況下也難以再有什么的像樣的抵抗出現了。
5月2日凌晨，石迪文和羅杰各自率領艦隊駛離了馬公港，他們的任務是向北追擊十八芝的船隊，確保他們不會再半路殺個回馬槍。但因為已經過去了一夜時間，十八芝的船隊至少已經逃出去五六十海里遠，饒是海漢艦隊的航速較快，想要在短時間內追上十八芝的船隊也不太現實了。因此王湯姆給他們下達的任務并不是死追不放，而是劃定了一段距離，到了這個距離就選擇折返回來，不以殺傷敵人為目標。而明軍水師則是負責清剿澎湖列島中的周邊小島，聯軍指揮部認為這種低烈度的作戰任務也正好適合他們的戰斗力水平。
船隊出發之后，陸軍協同明軍也開始向東進發，對澎湖島進行清理。十八芝的主要據點就離馬公港僅僅數里之遙，數百名頑固分子占據了這個由荷蘭人在其占領時期修筑的小型城堡，并且試圖通過使用土炮鳥銃等武器來負隅頑抗。不過在海漢陸軍拖出四門12磅炮把城堡大門轟了個稀爛之后，里面的海盜立刻便選擇了投降。
城堡內的狀況跟昨天的馬公港一樣混亂，到處都是十八芝在撤離時扔下的各種物品，但部隊搜查之后并沒有找到什么特別有價值的東西。根據俘虜的交代，城堡內剩下不多的糧食，在昨天的混亂中已經被瓜分干凈了。至于墻頭上架設的土炮火銃，其實大部分都是已經報廢的樣子貨，根本就打不響，這也讓先前以為遇到硬骨頭準備要打一場的民團陸軍有些泄氣。