錢天敦對此也持比較慎重的態度“這里島嶼眾多，我們對澎湖附近的海域又不熟悉，打夜戰太冒險了，也沒有冒這個風險的必要。還是先緩一緩，等明天再讓艦隊清理附近海域。”
兩名同僚都建議穩重應對，王湯姆也不會堅持冒險作戰，當下便通過電臺通知另外兩支艦隊，讓他們收攏隊伍，開始對馬公港碼頭進行清理。同時派船通知福建水師，讓他們派船往南北兩個方向沿海岸線進行搜索，看看澎湖島沿岸是否還有尚未來得及撤離的海盜船隊。
在意識到大勢已去之后，滯留在馬公港未能來得及撤離的數千人沒有再進行無謂的抵抗，大約三分之一的人選擇了就地投降，剩下的人則是抱著僥幸心理撤向了內陸，指望敵人對澎湖的攻打只是短期行為，打完這一波之后就會撤回大陸。
顏楚杰也沒有急于讓部隊連夜進行搜捕，而是在馬公港劃定了駐扎區，讓運兵船和貨船能偶盡快入港停靠。這次的聯合行動，海漢與福建軍方總共投入了近萬作戰人員，還動員了幾乎數目相當的民夫負責后勤輜重。不過開戰之前的種種擔心，現在看來都已經不會出現了，十八芝接連駛出丟車保帥的招數，已經表明了他們沒有打算在澎湖島上再組織像樣的抵抗。這樣一來聯軍要實現占領澎湖的作戰意圖就十分輕松了，只要逐島進行清理就行。
在軍官們上岸享用晚餐的時候，福建水師送來了另一個消息，根據之前海戰所俘獲的海盜交代，下午在海上交手的第二波海盜船是由十八芝首領之一的鄭芝莞指揮，而鄭芝莞本人的坐船已經在交戰中被海漢艦隊用火炮擊沉，估計是不太可能生還了。至此十八芝的首領中已經有三人戰死，三人被擒，這個戰果已經足以讓福建官府對朝廷和兵部都有所交代了。
入夜之后，許心素為首的福建軍方高層也全部在馬公港登陸上岸，與海漢指揮人員磋商接下來的行動安排。
“明天我們會派出兩支艦隊繼續往北進行追擊，杜絕十八芝回頭的可能。”顏楚杰言簡意賅地說道“另外希望明軍能夠配合我們對島上展開地毯式的搜索，把可能隱匿在島上的海盜殘余分子清理干凈。”
“顏將軍放心，雖然水師在海戰中出不了多大的力，但在島上搜捕海盜一事，本官定會親自督辦，務求將殘敵一網打盡”許心素立刻拍著胸脯表了態。
盡管雙方這次是用混編的方式組織了聯合艦隊，但真正開打的時候，也只有幾艘從海漢購買的新式戰船在一線參與了戰斗，而明軍水師的其他船只都只是在外圍控場撿漏。許心素出錢出力，也是抱著鍛煉自己親軍的念頭，不過十八芝主力都已經逃了，接下來顯然沒什么大仗可以練兵了，也只能把這搜島的差事當作主要任務了。
當天晚上，又陸續有人趕到馬公港的聯軍駐地投誠，其中還夾雜著好幾個福建官府安插在澎湖這邊的探子。根據這些人所的情報，聯軍指揮部基本可以確定十八芝的主力已經撤離了澎湖，乘船北上前往琉球的某處島嶼。而目前仍然滯留在澎湖列島上的十八芝人員，至少還有四五千人之多。不過剩下這些人里面已經沒有多少窮兇極惡之徒，在缺乏組織的情況下也難以再有什么的像樣的抵抗出現了。