5月2日凌晨，石迪文和羅杰各自率領艦隊駛離了馬公港，他們的任務是向北追擊十八芝的船隊，確保他們不會再半路殺個回馬槍。但因為已經過去了一夜時間，十八芝的船隊至少已經逃出去五六十海里遠，饒是海漢艦隊的航速較快，想要在短時間內追上十八芝的船隊也不太現實了。因此王湯姆給他們下達的任務并不是死追不放，而是劃定了一段距離，到了這個距離就選擇折返回來，不以殺傷敵人為目標。而明軍水師則是負責清剿澎湖列島中的周邊小島，聯軍指揮部認為這種低烈度的作戰任務也正好適合他們的戰斗力水平。
船隊出發之后，陸軍協同明軍也開始向東進發，對澎湖島進行清理。十八芝的主要據點就離馬公港僅僅數里之遙，數百名頑固分子占據了這個由荷蘭人在其占領時期修筑的小型城堡，并且試圖通過使用土炮鳥銃等武器來負隅頑抗。不過在海漢陸軍拖出四門12磅炮把城堡大門轟了個稀爛之后，里面的海盜立刻便選擇了投降。
城堡內的狀況跟昨天的馬公港一樣混亂，到處都是十八芝在撤離時扔下的各種物品，但部隊搜查之后并沒有找到什么特別有價值的東西。根據俘虜的交代，城堡內剩下不多的糧食，在昨天的混亂中已經被瓜分干凈了。至于墻頭上架設的土炮火銃，其實大部分都是已經報廢的樣子貨，根本就打不響，這也讓先前以為遇到硬骨頭準備要打一場的民團陸軍有些泄氣。
畢竟海軍多少還打了兩場仗，再不濟已經有戰功墊底了。而陸軍從昨天登陸以來，卻連一場像樣的交戰都沒有，好不容易碰到個堡壘有人據守，結果放了兩輪炮就投降了。這么打下去陸軍只怕是一點軍功都撈不到了，而軍官們開戰之前大肆嘲笑海軍只能當運輸隊的話還歷歷在目，此時卻是被打臉打得啪啪作響了。
高橋南在第一時間就從俘虜中隨機挑選了二十人，押到旁邊分作兩隊進行審問。他要知道島上哪里還有海盜的據點，以便能夠盡快趕去剿殺。要是動作慢了被明軍搶在了前面，那他可是真沒臉向錢天敦交代了。
在當著俘虜們的面接連砍了三個不肯合作者的腦袋之后，剩下的俘虜都被嚇得不輕，恨不得能把祖宗十八代的族譜都背出來。高橋南也并不擔心自己的做法會被舉告，他的這種方法簡單粗暴但極其有效，當初在安南打仗的時候就曾經多次依靠這種手段獲取了重要情報，軍方高層也就一直很放任他用比較暴力血腥的手段來獲取戰時情報。畢竟在戰場上只問戰果，不問過程，沒人會在乎敵人的死亡率有多高。