新軍建立之初，軍事組的原班人馬要保存。作為新軍的訓練者和監視者。建立新軍需要軍官，所以采取規模減半的辦法，保留為20人作為內衛部隊，裝備現代化武器，另30人進入新軍當軍官，建立一個教導營。
一旦新軍體制完善，軍事部直接掌握的武裝力量的使命就告結束，除了內衛部隊之外，其他人全部歸入新軍的序列。此后的一切軍事行動全部由新軍執行。
新軍主要采用19世紀武器和冷兵器。初期決定使用的是米尼彈的前裝線膛步槍和長矛。槍矛比例暫定為1：1。第一批新軍的規模為500人，編一個營，另編炮兵連一個，配9門滑膛炮。如戰斗中需要新式武器，可向委員會申請，由內衛部隊發放。
軍事委員會屬下將成立總參謀部，其下分別設陸軍和海軍兩個體系。總參謀部有權指揮海陸軍。但是總參謀部無權指揮內衛部隊。軍委會負責內衛部隊的訓練、補給，但是無管轄指揮權，由執委會直接控制。
軍隊不可用于內部沖突。內衛部隊主要任務是維護秩序，保護政府機關和保管重要物資。同時負責現代化武器控制。
總參謀部屬下成立獨立的軍事情報部門，負責軍事情報搜集和偵查活動。
軍事后勤，暫時不建立獨立的部門，由執委會委托各專業部門供應，具體調撥由計委控制。
已經在大美村和鹽場村實施的民兵方案要繼續推行，不僅在這兩個村落，在百仞公社也要進行推廣。早期采用基干民兵制度，三丁抽一，由穿越者下到各村對基干民兵進行輪訓。民兵的武器目前以繳獲的冷兵器、舊式火銃、抬槍和制式的6磅滑膛炮（用以村落設防）為主，待到有一定的工業能力之后可給基干民兵裝備米尼步槍。
穿越集團沒有正式的海上作戰力量，只有漁輪用于巡邏――受限于燃料和配件，這些現代化的漁輪的使用必須盡量控制。鑒于這個時代的海盜是東南地區最強大的作戰力量，而且目前看來很難與之合作，短期內應在博鋪建設海軍基地完成要塞化。陸軍應支援建設海軍要塞炮兵，并在海軍基地駐扎一支防御部隊。海軍在臨高角扼海口建立炮臺，掩護港口和船塢建設。
張柏林聽到這里眨了眨眼，意思就是你們拽什么，還不得低聲下氣的到老子這里來要大炮。
成立海軍之后，原漁業生產組撤銷，并入海軍。漁業生產依然是現階段海軍的主要任務之一。因此海軍受總參和農委會的雙重領導，博鋪魚品加工廠繼續屬農委會所有。海軍的兵員，由陸軍負責招募和訓練，以后再獨立成系統。
為了在初期統一海上力量，避免多頭管理，實行“凡是海上飄得都歸海軍”的體制，無論是從另一個時空帶來的船只還是從在本地繳獲購買的，也不論其目前的用途，全部歸口海軍管理。
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