至于從浙江搜羅來得難民，總參建議在臺灣設立中轉地。難民先到臺灣，在臺灣的營地內“囤積”一階段之后再轉運回臨高。一部分人可以直接留在臺灣，開發臺灣的土地，形成第二個殖民地。
當然，臺灣的局面要復雜一些，上面多多股勢力，包括荷蘭人、西班牙人和鄭芝龍在上面都有自己的地盤：荷蘭人控制大員，鄭芝龍占據北港，西班牙人占領雞籠（基隆）。大體從臺北到臺南的，沿著朝向大陸的海岸線展開。臺灣的土著、馬來移民和日本人在當地也有一點小勢力。
不過，這些勢力的規模都很小，占據的地盤也不大。荷蘭人、西班牙人和鄭芝龍，其勢力不過是以一二個城堡支撐點為核心，占據周邊很小的一塊地盤。除了貿易之外就是收取福建移民和土著民的貢賦。后者的比例很小。除了鄭芝龍在當地有一點組織移民搞農業開發之外，歐洲人占據這些地方的主要目的還是充當貿易據點和收集當地的土物――主要是臺灣的鹿皮。
以穿越眾的海陸軍實力來說，消滅這些勢力易如反掌。根據歷史資料：西班牙人在雞籠的全部守備力量不過90名歐洲人，再加一二百菲律賓征集來得輔助部隊。荷蘭人在1631～1632年度還在修筑熱蘭遮城，全部歐洲人駐軍不超過400人。其勢力范圍在城堡外30公里即到了極限。1630年甚至差點被臺灣土著目加溜社逼走。到1635年東印度公司大規模增兵之后才開始大規模討伐周圍的原住民村落，擴大統治區域。
因此這些勢力在陸地上的威脅性都很小，說不堪一擊也不為過。派遣一個步兵營加強少量炮兵就足夠橫掃全島。但是在海上狀況就要復雜一些。荷蘭人現在是貿易伙伴，而且它在東亞的海上實力有限，不會冒著觸怒元老院的風險來采取敵對行動，西班牙人在臺灣附近海域只能算是“存在”。
唯一的障礙就是鄭芝龍。福建沿海是他的主要活動區域，海軍的運輸船隊經過這一地區，甚至就在臺灣島上登陸，修筑中轉基地，這事絕對是瞞不住他的，如果他要發動干涉，對發動機行動就是很大的阻礙。
如果是通過臺灣海峽。以和諧輪的噸位、武裝和護航戰艦的戰力來說，鄭芝龍除非發動大規模的海戰，否則幾乎不能產生什么威脅。海軍在圖上推演中，扮演鄭芝龍一方的很少能夠在臺灣海峽捕捉到運輸船隊經過。換句話說，在當時的通訊航海水平下，鄭芝龍就算存心要開打，也不見得能捕捉到戰機。
但是，若是要在臺灣本島靠岸停泊，勢必要出入臺灣沿海港灣，鄭芝龍就會有很多作戰機會了。這一點是要放入考量中的。
大家認為，在臺灣開設基地是有必要的――從開發價值來看，臺灣高于海南。但是到底選額哪里作為中轉基地有不同的意見。被列入選擇的有多處，包括雞籠、臺南、花蓮、高雄等處。