從早上開始，鄭軍并未發動大規模炮擊，而是專心收拾戰場，救治傷員，包括俘獲的紅夷傷兵在內，除去一些不治而亡的家伙，所有人都得到了及時救治。
由于擔心炮擊會讓傷員們心虛難安，故而鎮海伯鄭芝龍便未讓虎大威的炮兵團開火，鄭芝鳳所率的艦隊也未二次駛入大員灣，對熱蘭遮城堡進行炮擊。
鄭芝龍遣叔父鄭戢將傷勢不重，但暫時身體無法參戰的士卒裝船，先行轉運到澎湖或者夏門進行修養。
可以救治的重傷員不便乘船，暫時安置在大員島南部的營帳里照顧，待情況稍好之后，再行裝船運往后方。
鄭芝龍從未想過陸戰會打成這番模樣，即使是夜戰，敵情不明，五千人馬又是輪番上陣，也不至于被五百紅夷給重創。
幸好在戰前各部已經定好了暗號，只要在黑夜里不說明語者，一律斬殺，起初是定為閩語，不過虎大威所部都是北人，根本就不會說閩語，故而改成了明語，即北方官話。
要不然在混戰之中，前方戰況不明，視線極差，情急之下，連自己人都能被打死打傷好幾百人，那就更加糟糕了。
鄭芝龍也不好過分責備鄭芝鰲，平心而論，在排兵布陣上，鄭芝鰲并未有多大的過失，臨陣指揮也算得當。
之所以能出現如此大的傷亡，多半是因為此前鄭氏高層皆安于現狀，自家兵馬訓練懈怠，又久疏戰陣，一旦到了以命相搏之時，縱使想要殺敵，也是有心無力了。
經過事后了解，鄭舉與鄭紹兩人均未出現臨陣怯戰或主動潰逃之狀，前者是被紅夷用短銃偷襲所傷，后者則是在交鋒時被其利劍割傷。
不過鄭芝龍完全可以想到，事先提醒麾下諸將的那些注意事項，他們均未當回事，太子爺說紅夷悍勇，當須穩扎穩打，謹慎用兵，也被眾人所輕視。
是役也是給鄭氏上下敲響警鐘，奪取大員地區絕非易事，熱蘭遮城堡近在咫尺，想要攻克亦是舉步維艱，若無堅韌毅力，則會將之前的努力付之東流。
無奈之下，鄭芝龍只能決定增兵，撥給鄭芝鰲三千士卒，以保持對熱蘭遮城堡的圍攻之勢。再給鄭鳴郢調撥一千馬卒和一千步卒，因為東岸的戰況也不容樂觀。
大員島這邊是攻城戰，但是熱蘭遮城堡久攻不下，鄭軍開始陷入白晝炮戰與夜晚偷襲的雙重漩渦之中。
東岸的情況則是另一番景象，由于紅夷故意不與鄭軍正面交鋒，選擇進行伏擊戰和游擊戰，導致鄭鳴郢只得不斷派兵進行追擊與圍堵。
可由于所部僅有五千兵馬，少量馬卒又在與紅夷馬卒交鋒時折損大半，根本無力對紅夷主力進行迂回包抄。
僅靠步卒推進的話，又無法阻止紅夷向內陸逃竄，鄭芝龍也只能加強鄭鳴郢所部的兵力，以期其可以速戰速決。
這樣一來，鄭軍在東岸就部署了六千人馬，在大員島先后用兵一萬三千，在北線尾島駐有五百人，在前進基地的澎湖約有六千五百人作為預備隊。
鄭芝龍并未將澎湖駐軍全部調到前線投入戰斗，一來是因為眼下步卒的作用并不顯著，二來則是考慮轉運的問題。