后來司馬伷率領軍隊參與了晉滅吳之戰，吳國末帝孫皓正是在諸葛靚的建議下向為人比較寬厚的司馬伷投降，諸葛靚也由此被姐夫司馬伷所收留。
諸葛靚因為司馬炎的父親司馬昭與他有殺父滅族之恨，因此諸葛靚一生只居于姐夫司馬伷府中不肯出仕晉朝。
司馬炎是個厚道的皇帝，他幼年與諸葛靚關系非常親密，因此他聽聞諸葛靚隱居在司馬伷府中之后，親臨司馬伷府上禮聘諸葛靚出仕晉朝，但遭到諸葛靚嚴詞拒絕，司馬炎也不以為忤，反而更加欽佩諸葛靚的骨氣，也沒有再對諸葛靚家族進行政治清算。
后來西晉被五胡亂華所滅，司馬家族五馬渡江，司馬伷的孫子司馬睿在南方建立了東晉政權，由于司馬睿身上有諸葛氏血統，因此司馬睿在東晉稱帝后，對諸葛家族極為禮敬尊崇。
也因此為如此，諸葛亮和諸葛誕兩兄弟在后來的東晉政權中非常受尊崇，尤其是司馬睿更是因與諸葛亮有姻親關系為榮，司馬睿非常欽佩諸葛亮的能力，因此在東晉時期諸葛亮被東晉追謚為“武興王”，諸葛誕的家族后人也在東晉得到平反和重用。
再說回諸葛亮的后世子孫，諸葛亮有四個兒子，長子是哥哥諸葛瑾過繼給他的兒子諸葛喬，后來諸葛喬的兒子諸葛攀因諸葛瑾被族滅又認祖歸宗重回諸葛瑾一脈。
次子也就是諸葛亮的親生長子諸葛瞻，諸葛亮曾經對他寄予厚望，并且臨終前給他留下了著名的《誡子書》，但很可惜諸葛瞻并沒有按照父親的預期發展，也在于諸葛瞻自幼就生長在父親諸葛亮的光環之下，被捧得太高了，所以雖然諸葛瞻有一定的才能，但也是言過其實，最終沒有挽回蜀漢滅亡的敗局，諸葛瞻在最后與長子諸葛尚在綿竹之戰為了抵御鄧艾軍隊入蜀奮戰而死。
諸葛瞻父子死后，他的次子諸葛京擔心受到政治清算，因此與堂兄諸葛攀一同隱居于河東郡。
諸葛亮第三子諸葛企自幼被過繼給諸葛均，諸葛企后來也擔心遭到政治清算，因此隱居起來一心修道，其后代以葛為姓。
諸葛亮第四子諸葛懷是諸葛亮老來子，諸葛懷4歲時諸葛亮就去世了，諸葛懷在蜀漢滅亡后從此遠離政壇隱居避世，司馬炎后來決定召漢代名臣后裔入京為官，召集了很多名臣后裔，這其中也包括蜀漢名相諸葛亮的幼子諸葛懷，但唯獨諸葛懷沒有應召，諸葛懷有感于諸葛家族分別輔佐三國帝王，結果家族險遭覆滅的悲慘結局，于是告誡后人不可再入仕為官。
作者有說：司馬懿和諸葛亮，如果是在一個政權的話還會有三國都不好說，如果兩個人都是敵對關系下兩人默契都什么高，如果兩個人在一政權的活可能會是知己。