秋，雁門饑，太祖發軍糧兩屯于太守郭缊賑之。郡中豪強大戶聞之，無不感佩，遂協力出糧，一郡賴以得安。八月，迎趙皇后，成禮于平城。
十月，朝議三將下獄，拜太祖為中郎，以功特加千石，爵公大夫，赴洛入郎署。隨行義從俱乘白馬，白馬義從之名自是而起。過河內孟津，逢日食，士民驚恐奔逐，唯太祖巍然不亂，自斬座下馬首而震眾心。須臾，日食過，孟津乃安，士民官吏無不膺服。及登船，左右問曰：“公何所恃？”太祖曰：“天象有常，君子自不懼也！”待渡河，有使來告：“君師劉公以天象罷三公之位。”太祖面不改色：“君子自強，如此瑣事，何告之也？”左右愈服。及入洛，以中郎拜尚書臺行事，晚謁寬。相談至夜，將走，寬度太祖年歲日長，雄氣漸成，乃臨門拗其袖嘆曰：“漢室興亡，將操于文琪手也，慎之！”太祖不知其意，兼以前言誅宦事宜，乃徐答曰：“王甫根基已動，小兒輩自破敵，恩師但于內堂安坐。”寬自知失言，乃曰：“善。”
太中大夫段熲，阿附中常侍王甫，甘為爪牙，權傾朝野，其在洛中，時人未敢高聲言于目前，唯太祖常與其痦。前罪將夏育、田晏，遇赦為庶人，返鄉途中被殺于道。熲疑太祖所為，于銅駝街前相質，時熲引數十人，太祖凡一人，天色既暗，熲乃引眾拔刀欲行不利，喝曰：“小兒輩以吾刀不利乎？”太祖曾不色變，昂然抽刀對曰：“天下健者，豈唯段公？”話音落，京師大震，房屋官寺坍塌者不計其數，熲大驚而退，由是喪膽。
年末，南宮尚書臺有雌雞化雄，一身毛皆似雄，但頭冠尚未變。及發，洛中震恐，閹寺遮面而走，士人輿論洶洶。當日，復又交州事變，四郡陷落。南宮平城門無故自塌。太祖為尚書郎，親目所見，愕然當場。待歸，更與王允、田豐等急謀誅宦。
熹平七年初，太祖遷為中都官從事，與王允等合推陽球為司隸校尉。蔡邕欲上疏請誅宦，先以家人及藏書萬卷托付太祖。及疏上，果下獄論死。太祖等奮力營救，改流放朔方。王甫誣告靈帝宋皇后行巫蠱之事，靈帝廢后，宋氏族誅于市。帝師光祿大夫橋玄幼子被賊所挾，太祖設計救之。玄壯其志，感其恩，乃自請為司徒領尚書事，以助太祖等誅宦。
三月，朝議改元光和。王甫使門生于京兆界辜榷官財物七千馀萬，京兆尹楊彪發其奸，言之司隸。時甫休沐里舍，颎亦歸家。球欲假詣闕謝恩，因奏甫、颎及中常侍淳于登、袁赦、封羽等罪惡，唯慮甫聞訊入宮相持，便不敢行。太祖乃自告奮勇，率義從堵截其舍。待至，不及陽球得旨，太祖即刻親持刃相博，引義從攻殺入舍，先擒甫及子萌，復拖其發冠至門前看管。甫臥于血泊，惶然問曰：“不得旨而殺兩千石，死罪無赦，于君何益？”太祖慨然應曰：“汝父子族人五毒俱備，貪鄙殘命，天下苦之久矣！既已發動，自有進無退，便以亡命江湖，亦要為天下誅汝曹！”既攻，洛中士民臨街而觀，復聞此言，皆踴躍相頌，固知王甫無生矣。太祖既誅王甫，復磔其尸于夏城門，大署榜曰“賊臣王甫”。盡沒入財產，妻、子皆徙比景。左右或勸曰：“行事酷烈，早晚或遭反噬。”太祖凜然對曰：“日食地震，雌雞化雄，若不盡誅彼輩，大漢焉有早晚？”