7月17日，南直隸蘇州府、松江府、常州府，以及浙江承宣布政使司寧波府、紹興府，瀕海地區又發生大風雨，海溢傷害莊稼，淹死人畜不計其數。
同時明太子太保兼武英殿大學士許國，上疏稱“今四夷交犯，而內外小臣爭朝務攻擊，致大臣紛紛離去，誰能再為國效力請申諭諸臣，各修職業，不得意氣用事，攻擊大臣。”
明神宗朱翊鈞，得知后，立即告誡六部和都察院官員們，下令道“近來或卑凌尊，或新間舊，或僚屬而制官長，或長吏而排閣臣，致使國事紛紛，朝納混亂，大臣解體，爭欲去官，國無其人，朕與誰共理國事今后再有肆行誣蔑大臣者將重治不貸。”
7月24日，明福建按察僉事李琯，上疏彈劾論前任明內閣首輔申時行，十大罪其一；明鹽城縣訓導龐尚鴻，奏壽宮明神宗選擇的陵墓有水、不吉利，但明內閣首輔卻置之不理。其二；倡言陛下欲另立皇太子，謀擁立之功。其三；請陛下下詔禁言路。其四；將明南直隸國子監司業劉應秋、明廣東布政使司右參議章守誠、明南直隸吏部驗封清吏司主事蔡時鼎，告發自己罪狀的奏折留中不發，其欺君罔上行為甚于張閣老。其五；其子申用嘉，假冒籍貫，中浙江承宣布政使司鄉試、其婿李鴻，假冒籍貫納監，村民沈璟強、汪讓，代為取中。其六；縱容家人宋九通，賄納京衛經歷使司，未嘗歷俸，竟得雙封。其七；受明兵部右侍郎兼都察院左副都御史郜光先，之賄金，而私授他為總制陜西三邊總督軍務官職，致使敵寇盤跨兩川。其八；私收明遼東總鎮總兵李成梁，賄金為他掩蓋敗績，陣亡八百人，竟反以奏捷議賞。其九；為明湖廣巡撫兼都察院右副都御史秦耀，報私怨，而暗中排擠明吏部尚書宋琯，為明金門備御千戶徐春時，復私仇，而排斥明吏科左給事中張養蒙。其十；接受被罷官回府聽候處理的明漳州府知府胡繼新，之珠寶而私自將其留用，接受因罪被審問的明神武中衛指揮僉事李時孝，之寶玉，而免去其罪。
最后還列舉了明文淵閣大學士王錫爵，的諸多不法事件，稱其與前任明內閣首輔申時行，是；同惡相濟、宜并罷斥，以正欺蔽之奸。
在明福建按察僉事李琯，將奏折呈上去后，明武英殿大學士許國，立刻辯說法司彈劾閣臣無先例。
于是明神宗傳令由；六部、六科，進行私議，處決把李琯革職為民。
8月初9日，南直隸鳳陽行都督府泗州以及泗州衛大水，淹沒衛指揮所公署三尺深，溺死軍民無數，且浸及鳳陽行都督府祖陵〈孝陵衛〉。
為此明工部尚書曾同亨，奏報此事上朝堂惹得群臣們議論紛紛，明神宗遂命明工科給事中張貞觀，前往鳳陽行都督府泗州衛勘視水勢。
9月12日，河套打兒漢子部首領土昧，與河套永謝部首領唐兀明安，打算向朝廷提出互市請求，復開臨邊要賞，聲犯內地以求赦書。
這引起了坐鎮在陜西承宣布政使司的，明兵部尚書兼陜西三邊總督魏學曾，的注意他特地傳令讓，明延綏總鎮總兵杜桐，率軍出擊斬殺河套永謝部首領。
很快明延綏總鎮總兵杜桐，就與明延綏總鎮巡撫賈仁元，用計先出兵奇襲河套永謝部逼出首領追擊。
在讓明榆林衛右參將張剛，出延綏總鎮鎮羌守御千戶所神木縣，明鎮羌守御千戶所游擊將軍李紹祖，自延綏總鎮孤山堡出擊，主力方面由明延綏總鎮總兵杜桐，率領輕騎自延綏總鎮榆林衛，三道并進夾擊敵寇。