皇帝很清楚解刳院沒有問題，張居正也很清楚，但大明百姓并不清楚，張居正以內閣的名義請旨調查，其原因也非常簡單，就是杜絕陰謀論的蔓延，給這件事下一個最終定性。
這一次大明皇帝的病危，是一場巨大的危機，對于剛剛從泥潭里站了起來的大明而言，作為新政向心力的那個中心，陛下一旦出問題，大明就立刻向不可知的深淵滑落，帝制素來如此，興衰和皇帝個人關系極大。
大明度過了一場浩劫，要對這場浩劫有一個最終的官方結論，那么陰謀論就沒有了滋生的土壤，這樣對所有人都好。
包括陛下本人。
大明皇帝有點太小看自己現在的影響力了。
一個非常簡單而直白的例子，草原上現在有一條共識，那就是可以反漢，但是不能反對陛下，在草原上依舊廣泛存在著北虜和漢民之間的矛盾，主要是因為生產資料的矛盾，土地、草場、堿池、礦山等等，都是矛盾爆發的誘因。
但草原上不能反對陛下，因為現在的安定生活都是陛下和陛下的天兵天將帶來的，這是侯于趙的一個大明、皆為王臣的最大共識，只需要兩三代人，只需要生產資料分配完畢，就會從你中有我、我中有你，變成渾然一體，再無法區分彼此了。
張居正要進行調查的原因，就是為了防止陰謀論的滋生，因為刺王殺駕案的存在，民間有很多人認為是王崇古和他的外甥張四維一樣在刺王殺駕，所以就需要調查，需要一個結論。
很快，經過了數番審查，解刳院的審查結果，那就是解刳院，沒有問題。
陛下出現了風寒和感冒的癥狀，是因為陛下身體過于強壯導致的排異反應，就是人對進入身體的異物或藥物產生的不良反應，而且是超急性的排異，陛下的這輪排異反應，大約可以解釋為免疫系統在虛空索敵，而皇帝陛下本身十分強壯，導致了這種發熱。
陛下的橫生牙縫了三針，就是這三針的線，導致的這種現象，一般人只會局部發炎，或者疼痛。
解刳院的大醫官都很好奇，皇帝到底是怎么挺過來的，一般來說，手術過后出現發熱癥狀，基本可以白布一蓋，準備后事了，李時珍看了都只能說，等死吧，沒救了。
當然解刳院的大醫官雖然覺得皇帝陛下很特殊，但沒有任何大醫官說，他們希望解剖皇帝。
解刳院在皇帝手術中沒有任何的問題，但張居正在調查中發現，解刳院在違規操作，解刳院有相當多的規章制度，藥品的管理非常的嚴格，鎮痛藥物甚至需要三個人互相監督才能支取，很多規章制度，是因為解刳院給皇帝看病而專門設立。
解刳院的違規，主要是集中在了實驗上，解刳院明令禁止，任何大醫官不得以自己為樣本進行試藥，皇帝陛下苦心搜集了那么多的都不能稱之為擬人的畜生，凌遲犯，送進解刳院就是讓大醫官做實驗的。
但解刳院的大醫官普遍存在拿自己試藥的現象，比如已經脫離了觀察期的大醫官龐憲，在進行了反復驗證后，將牛痘種植在了自己身上，獲得了天花的免疫。
“所以先生，要責罰醫者仁心的大醫官嗎？他們是對自己的實驗負責，才會用自己試藥，先生怎么忍心責罰他們呢？”朱翊鈞兩手一攤，張居正要求懲處這種行為，大明皇帝不同意。
“陛下，每一個大醫官都是眾人異樣的目光中，走進了解刳院里，研究生物無窮之理，他們每一個都很寶貴，而標本，是非人的畜生，陣亡在長崎的每一個軍兵，都是大明的忠骨義士，無論死多少倭寇，都無法抵消倭人這份罪孽，織田家、毛利家，整個倭國，都要付出代價！”張居正非常執拗，仍然要依規處置，這是處罰，更是保護。
而且張居正用這次長崎之戰作為例子說服陛下，處罰是為了禁絕這種風氣。
“大醫官弄出來的藥，療法，有些需要用到朕和皇親國戚身上，比如剖腹、比如陳鹵水、比如大蒜素，但凡是出些問題，就會連累家人，是死在試藥之下，還是藥死了朕全家陪葬？這對大醫官們而言，是個顯而易見的選擇。”
“先生，罰的輕了不管用，罰的重了，朕不樂意。”朱翊鈞仍然堅持不給懲處，這涉及到了懲罰力度的問題。