接著他又進軍攻打噶斯與次布爾哈屯兩處，羅卜藏丹津西逃，岳鐘琪率軍追擊，部落首領彭錯等人來降，他命守備劉廷言帶兵在前，自己率軍在后。
部落首領吹因投降并報告了羅卜藏丹津所藏地，岳鐘琪率軍于黎明抵達敵軍駐地，圍殲大敗敵軍，生擒羅卜藏丹津之母阿爾太哈屯等諸臺吉，叛軍首領羅卜藏丹津改換女裝逃走。
劉廷言等也抓獲了吹拉克諾木齊等人，之后岳鐘琪進軍抵達桑駝海，不見敵人才返回。
岳鐘琪帶兵出師15日，共斬八萬多敵軍首級。
凡是幫助羅卜藏丹津反叛的大部落長都被擒獲。青海至此平定，雍正特授岳鐘琪三等公，賜黃帶。
雍正二年四月，岳鐘琪率部剿滅羅卜藏丹津之后留守西寧，當時，謝勒蘇番眾作亂甘肅莊浪衛，岳鐘琪率軍兩萬兵分十一路向甘肅莊浪進軍。
他用軍隊主力圍住謝勒蘇番眾的大本營，謝爾蘇被剿殺，只剩二百多余番眾逃走。
岳鐘琪后又進攻與謝勒蘇有所聯合的番眾，他選出二十名擅攀爬者趁夜色潛入石堡城，城內兵眾毫無準備，被岳鐘琪帶隊里應外合直接拿下。
戰后岳鐘琪繼續搜剿抓獲二千多人，剩余黨羽投降，岳鐘琪受降并安置了這些人，事后上奏朝廷，并建議改莊浪衛為平番縣。
雍正帝下旨再授岳鐘琪兼甘肅巡撫，督辦甘肅、青海兩地軍務政要。
雍正三年四月，年羹堯被解除兵權，雍正改授他為杭州將軍，而岳鐘琪也被命令上繳奮威將軍印，被任命為川陜總督。
任職期間，岳鐘琪上奏請求恢復河州、松潘互市；
又整肅川陜官場，肅清官風。
他視察民情，于雍正四年冬奏請攤丁入畝減輕川陜百姓的負擔。
后于雍正五年春，他主持調節少數民族首領之間的領地糾紛，在當地推行改土歸流之策。
雍正五年秋，成都有人散播謠言，稱岳鐘琪將要帶兵造反。
岳鐘琪聽聞后上奏此事，表明清白。
雍正帝命人嚴查，查出是一個寄居四川的湖廣人盧宗因為私事造謠，幕后無主使者，于是論斬此人。
雍正六年，道士李不器捏造岳鐘琪謀反，雍正帝不相信謠言，于十二月初十下諭旨還岳鐘琪清白。
過了一年，又有湖南靖州生員曾靜，派其徒張熙致信岳鐘琪，勸他一同造反。
岳鐘琪設計抓捕二人并上疏此事，雍正帝褒獎岳鐘琪忠心。
當初羅卜藏丹津敗走后投奔準噶爾，大首領策妄阿喇布坦接納了他。
“雍正七年，策妄阿喇布坦死后，噶爾丹策零繼位，多次侵掠喀爾喀諸部。”
“岳鐘琪被任命為寧遠大將軍，奉旨西征討伐。”