而人類也從死海文書之中，得到了來自遠古的預言，死海文書本身就是和亞當在一起墜落到地球上的，上面記錄的則是使徒的誕生，以及使徒遇到亞當可能會觸發第三次沖擊毀滅人類的事實。
因此人類也開始了第三新東京市這類防御設施的建設，之前的人類進化研究所也改成了直屬聯合國的特務機構nerv。
第三新東京是一座海濱城市，本身是一座可以降落到地面以下的要塞都市，城市之中的所有建筑都是可以下沉進入地面之下，而這還不是最重要的，最重要的是在第三新東京市的地下，有一個巨大的空間，而人類預計在那里建設另一座城市，那里才是真正的超級堡壘，守護著最終教條，是防御使徒的最終防線。
這里的地下空腔可以算是天然形成的，當黑之月墜落帶來莉莉絲的同時，也在地球上砸出了一個大坑，而這個大坑最終就形成了這樣一個巨大的地下空間。
整個地下空間大致呈現為半球形，半徑約有三公里，經過一定的清理，修整和加固之后，這座地下都市就可以正式進入建設了。
在地下都市的頭頂除了有第三新東京之外，還預計建設二十四層厚重的防御層，就算是核彈，如果在數量不是特別多的情況下，也是無法擊穿這層防御的。
這本身就是一個大工程，在原本人類的工業受到重創之后，完成這一工程消耗了全球大量的資源，這也是人口銳減的重要原因之一，大量的資源消耗在了這座地下堡壘上面，導致許多欠發達地區得不到物資的保證，從而產生了更多的難民，戰爭和沖突也因此爆發。
不過這次情況有了一定的變化，在大量人口被保全的情況下，人類的工業體系保留的相對完整，這種情況下，第三新東京市的建設比起預計之中要快得多，消耗的資源也沒有造成太大的社會問題。
而在第三新東京建設的同時，人類也開始建設起了自己的巨型機器人eva，相關的技術雖然并沒有被完全共享，但這些巨大的機器人建設的過程中，卻是借用了全球的工業力量，其中的二號機就是在德國進行建設的，而在不久之前，碇真嗣出生前不久，明日香也出生了，準確的說是被克隆了出來。
原著中的明日香并不是本體，而是克隆體，而且克隆題有許多，她是唯一一個被保留下來的，只不過領養她的家庭環境條件顯然是有點問題，明日香的養母在領養她后不久，就患上了精神疾病，并不將她當做自己的女兒，而是將一個娃娃當作了自己的女兒。這曾經給明日香留下了相當大的心理。
畢竟這樣的家庭對于一個孩子來說，實在是有些殘酷了，但或許正是因為她心理上出了一些問題，才讓她成為了最終被選中的駕駛員。
而這一次，明日香卻和原本的歷史線中不同，雖然家庭環境對明日香造成了相當的影響，但她的本質已經是一階，心智雖然是孩子的程度，但其實比大多數成年人還要更加堅強，剛剛是上小學的年紀，就已經能夠照顧自己，甚至是照顧自己的母親，這讓觀察她的人一度想要放棄，選她作為駕駛員，但作為眾多克隆體之一，她最終還是被安排了去測試機甲的駕駛。
按理來說，明日香現在這種堅強開朗的性格，心之壁的厚度應該幾乎等同于沒有，是不適合駕駛eva的。
德國的相關機構進行了多次測試，基本已經確定了，只有那些童年之中有著重大心理陰影的孩子，有著自閉癥傾向的孩子，和二號機的同步率才會較高。
大多數人都并不看好這個堅強的明日香，直到他被要求坐上了駕駛座，完成了和二號機的感官同步的瞬間
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