官軍圍剿流賊不力，反而被殺的大敗虧輸，朝中只好放出因黨爭獲罪的名將宋常勤出任三邊總督，負責剿滅流賊。
宋常勤入軍中，發現軍隊之中兵無戰心，軍官驕橫，殺良冒功。宋常勤于是用鴻門宴的方式斬殺軍頭鳳人宏，清洗鳳人宏的黨羽，控制軍隊。
與此同時涂旦可也被軍隊抓住，重新整編的軍隊正缺少醫生，于是將涂旦可帶上。過程中涂旦可展現出來的醫術漸漸獲得軍隊信任，這時他才發現軍中有大量醫生，甚至連他的師父一位蘇州名醫都被抓到軍隊里來了。
而繼續行軍后涂旦可才知道軍中有這么多醫生的原因原來此時軍隊之中已經開始爆發傳染病，為了穩定軍心，軍官拼命抓醫生試圖將疾病控制住。
名醫們各自使用辦法對付傳染病，但是這疾病與之前百年中本朝遇到的病癥都不一樣，醫生們用老辦法治療疾病，卻因為藥不對癥所以根本無效，甚至使得將士們諱疾忌醫。
涂旦可通過思索發現了治療傳染病的辦法，但是這辦法和古書的辦法不同，涂旦可提出之后甚至連他的師父都不愿意支持，由此涂旦可被趕出軍中。
與此同時，宋常勤也上任總督，他到各地去籌集糧草，可是地主大戶們全都互相推委，口中說著自己如何困難，一兩銀子都沒有，但酒宴之后，宋常勤卻收到大戶門送來的禮單這些不愿意支持糧草的大戶一口氣給他送了上千兩銀子的禮物。
被趕出軍隊的涂旦可遇到流賊，被流賊裹挾，因為之前在軍中救了一個被俘的流賊首領的命，所以他并沒有遇害，還被流賊以禮相待。
流賊領袖請求涂旦可給他的部下治病，這時涂旦可才發現這群流賊之中也已經爆發同樣的傳染病，涂旦可只能盡力救治，但因為沒有相應的藥品無法治愈。
與此同時宋常勤征收糧餉卻遇到極大阻力，那些地主大戶無論宋常勤怎么諷刺勸說都不愿拿出軍糧，卻反而在每次拜見宋常勤之后都給他送上更重的禮物，希望能夠讓宋常勤放他們一把。
宋常勤調查出這些地主家中都有糧食，卻欠稅不交，甚至在災荒緊急的情況下，還有許多官員保護他們，他向朝廷彈劾這些地主和官員試圖取得朝廷支持，但是這些地主大戶全都有通天的關系，宋常勤的上疏沒有任何回應，他反而因此被朝廷排擠。
涂旦可所在的流賊被官軍攻擊，涂旦可再次被俘回到軍中。而這時他發現軍中的傳染病已經十分嚴重，甚至連他的師父都染上疾病。
師父在死前問涂旦可“為什么幾百年都有效的辦法，此時卻無效了這病還怎么救”含恨而終。
涂旦可咬牙接下了治療傳染病的工作，請求用自己的新方法治療疾病。事情上報到宋常勤那里，宋常勤點頭同意。
涂旦可使用了新方法終于將傳染病控制。
同時，宋常勤將本地的士紳大戶聚集在一起，最后詢問他們能否出糧，在再一次得到搪塞答復之后宋常勤摔杯為號，讓埋伏好的軍隊將這些大戶全部控制，抵抗者殺無赦，然后直接派出軍隊入大戶家中查抄，盡數將這些大戶隱匿的糧食未交的稅款收回，用這些糧食稅款武裝軍隊，去和流賊決戰。
大戰前夕，涂旦可離開軍隊，用自己總結出來的治療傳染病的辦法，試圖去救治更多的受疾病困擾的百姓；宋常勤帶領著隊伍去和流賊決戰；與此同時，因為被抄家而彈劾宋常勤的上疏雪片一般的飛向京城