此外，原本藩論保持一致的長州也開始有了爭論。
起初達成一致的意見是通過公武合體經營國家，長州由此參與其中，但其中的尊王攘夷派卻舉起叛旗，力量逐漸壯大，開始動搖長州藩。
周布政之助也開始改變之前的意見，與尊王攘夷派的久坂玄瑞結交。
同時，長州藩藩主毛利敬親又突然表示，“航海遠略策”不可行，需要重新審視長州藩今后的發展方式。
就這樣，本已快成功“航海遠略策”徹底破產，長井雅樂還被追究了責任，被認為是做了多余的事，許多尊王攘夷派的人強烈要求長井雅樂切腹謝罪。
由于長州藩改變態度，正在推進的公武合體前功盡棄。
這個時候，另一位實力強大的“棋手”薩摩藩伸出了獠牙。
安政五年1858，島津齊彬即薩摩藩第11代藩主、天璋院的義父、害天璋院嫁給一個殘疾人的罪魁禍首，因病去世。
沒有子嗣的島津齊彬去世時留下遺言，他認為若將藩主之位交給其弟島津久光，一定會搞出難以收場的麻煩。
因此，他決定由島津久光的兒子島津忠義繼承薩摩藩主之位。
實際上，他這樣的操作，跟直接傳位給島津久光沒啥不同。
島津久光成為了藩主的父親，這與他當上藩主別無二致。
繼承了島津齊彬的衣缽的島津久光，開始以國父的身份治理、領導薩摩藩。
他是一個十分開明，且能洞察時事的人。
他看出國內目前的現實是“尊王攘夷派”占據優勢，即使進言開明的意見，他們也不會接受。
因此，島津久光做出乍看之下是“尊王攘夷派”的姿態，實際上卻抱有“公武合體派”的想法。
此外，他還是一位野心家，希望占據領導地位。
長井雅樂的穩健策略崩潰之后，他率領1000名藩兵，帶著大炮來到京都，鎮壓京都內的不穩定或有所企圖的浪人，將蠢蠢欲動的尊王攘夷派全部逮捕，關在薩摩藩邸和旅館內，對他們進行徹底的肅清。
他這么做的目的是鞏固自己的立場，增加在朝廷中的話語權。
在薩摩藩的“尊王攘夷派”中起領導地位的西鄉隆盛，也被他流放至德之島。
然而，島津久光都已經把事情做的那么絕了，卻依舊有人不曉得其心中所想，還有人視他為“尊王攘夷派”的首領。
島津久光率領軍隊來到京都，于是薩摩人意氣風發，他們認為“此乃良機。如今正可擁立久光公為大將，在京都町嶄露頭角，趕走幕府勢力，由我薩摩藩奪取天下。”
他們甚至制訂計劃，一旦出現狀況就將天皇帶到比睿山，與幕府全面開戰。
這幫家伙的奇葩腦洞，將島津久光嚇得夠嗆，他立即出手壓制他們的行動。
文久二年18624月23日，“尊王攘夷派”的三十多人聚集在伏見的船宿寺田屋，商討今后的對策。
島津久光認為這決不能容忍，于是派遣9名身手高超的藩兵前往，他指示“不要對所有人下手，只針對自藩的人。”
于是，薩摩藩的“尊王攘夷派”的領袖人物被一舉殲滅。
島津久光派人殘殺自藩的“尊王攘夷派”人士行事之果斷，手段之殘忍，震驚世人。
此事件被世人稱為“寺田屋事件”。