隨著總督府的發展，在其體制日益完善的同時，其結構框架的組成也變得越來越復雜。
除總督府既有的本部系、五虎將等直屬于總部的提督建立起來的特本部系，以及武藏和法迪默等艦娘建立起來的直本部系以外，還有特殊系、外聯系與獨立系等分支存在。
特殊系，指的是由多名提督聯合組建起來的特殊分部、特殊支部，以及校級以上提督建立起來的公會等團體勢力。
這些團體勢力雖自成一體，并擁有一定的主權，卻沒有超脫總督府的體制范疇，盡管與本部系的提督有了明顯的區別，可實際上仍屬本部系的一部分。
外聯系，指的則是沃徳星九大聯邦與瓦爾星三大聯邦一系，透過委培的方式形成的提督群體。
他們雖掛名在本部系底下，可實際上卻是以其所屬的本土勢力為核心的友軍單位，不在總督府的直接統屬范圍。
至于獨立系的部分，指的則是沃徳星的野生提督，以及白砂星西擎洋的斯塔克這種不在總督府的體制當中，卻又維持一定合作關系之提督群體。
他們雖有獨立的主權，可以主掌其統治范圍內之一切事務，卻也失去了總督府的所有權益和保障，需獨自面對深海所帶來的威脅。
當他們在遇到無法應對的威脅，要想借助總督府的力量來處理，就必須付出相應的代價。
把所有好處都拿走，然后把所有的風險丟給總督府來承擔這是不可能的事情
正所謂，有人的地方就有江湖，人與人之間的關系，往往不止一面，在六系提督因各自的利益訴求，相互結盟與對立的情況下，總督府現在的內部格局有多么地復雜，也就可想而知。
沃徳星這邊的烏爾聯邦、雅托聯邦和藍多聯邦，在結合賽特姆文明的科技，整出碧藍機娘以后，便將重心朝碧藍機娘的部分傾斜。
其所屬的提督和艦娘，本就不怎么受待見，在這樣的情況下，日子就變得更加煎熬了。
要不是這三個聯邦還想從總督府這邊撈好處，只怕早已不再派遣適格者前往沃徳星學員就職提督和艦娘。
這也導致其所屬的提督和艦娘，在沃徳星這邊不僅是數量最少的，整體實力也是最差的。
隨著碧海機娘的數量越來越多，終是引來了海妖塞壬的注意，從而跨越位面進入沃徳星之中，與深海爭奪起了海域的控制權。
深海在沃徳星這邊的實力雖然強大，可終究還是太過分散了一些，在海妖塞壬不斷地涌入的情況下，漸漸地還是有部分海域落入其掌控。
當海妖塞壬在沃徳星站穩腳跟以后，便在第一時間找上了烏爾聯邦、雅托聯邦和藍多聯邦。
三大聯邦要是對其所屬的提督和艦娘好一點，派遣至沃徳星學院就職提督和艦娘的人數再多一點，這些提督和艦娘或許攔不住海妖塞壬的入侵，倒也不至于連探查都探查不到它們的存在，然后讓它們長驅直入地進入其領地范圍，從而造成巨大的損傷。
只是，三大聯邦不僅沒有檢討自己的問題，還將責任怪到這些提督和艦娘的頭上，將其原本就不算多的資源供給削去大半，然后投注在碧藍機娘上面。