申時行與王錫爵日間的簡單會晤沒有達成一致看法，或者應該說兩人都沒法準確斷定高務實在本次京察中的實際目的。
京察嘛，搞掉一些對方的人，換上一些自己的人，這是正常操作，大家都是很清楚的。只不過高務實做事對于他們而言有時候顯得太過天馬行空，很難抓住他的意圖來進行相應的準備。
申時行傾向于認為高務實打算在南京官場動大手術，換言之就是把南京的實權拿到手。
雖然說京察主要針對的是四品以下官員，南京六部的堂上官們是直接找皇帝交自陳，最終由皇帝決斷誰留誰滾蛋，但實際上四品以下官員掌握實權的并不少。
與絕大多數朝代不同，有明一代是正式實行“雙京制”的。眾所周知，南京作為中國歷史上少有的十幾個政權定都的城市，其地理優勢不言而喻。
朱元璋起兵之時就對南京的優勢非常清楚，他前期的謀臣馮國用就曾建議朱元璋先定金陵，曾向朱元璋建議“金陵龍蟠虎踞，帝王之都，先拔之以為根本。然后四出征伐，倡仁義，收人心，勿貪子女玉帛，天下不足定也”。
由于當時江浙的經濟優勢冠絕南方，所以占據南京就等于擁有了江浙的財富根基，因此朱元璋也能夠在處于四戰之地的情況下游刃有余，掃平了陳友諒、張士誠，進而北伐中原。
但是這并不代表朱元璋對定都南京是完全滿意的，其實在朱元璋的心里，南京過于偏安一隅，不能夠穩定全國，一直有所謂“以金陵為南京，大梁開封為北京，朕于春秋往來巡守”的想法。
不過等到洪武十一年，朱元璋經過深思熟慮之后認為，大梁也就是開封由于地理位置是四戰之地，并不適合成為都城，但朱元璋從未放棄過尋找新的都城，他的目標有三個“洛陽、西安、北平”。這三個城市各有優勢，不過朱元璋還沒來得及做好決定就駕崩了。
朱棣發動靖難之役奪取皇位之后，幾乎立刻開始考慮遷都問題，原因也很簡單，畢竟北京是自己的“龍興之地”，所以他非常的想給自己的承繼大統加上一個合理的理由，所謂“自昔帝王，或起布衣，平定天下，或外藩入承大統，而于肇跡之地，皆有升崇。”
另一方面，北京地理位置更加利于對抗蒙古、控制北方，所以朱棣決定遷都。到了永樂十八年，北京宮殿營建完畢，朱棣徹底決定遷都北京，而改南京為留都，但是這并不代表明朝從此就把北京當成唯一的都城了。
朱棣死后，明仁宗朱高熾一度想要遷都回到南京，后來明宣宗及時叫停，從此北京的地位才開始穩固。
都城遷了，但并不代表機構也完全搬過來了。當時的情況是南京的衙門由于在遷都過程之中還得審理案子，維持全國運轉，所以就沒有裁撤，而遷都完成之后南京衙門就沒用了，所以永樂后期南京的六部前面全部加上“南京”二字，這樣也就形成了明朝獨具特色的南京六部。
南京的六部相比北京的六部，其實看上去也沒差太多。根據大明朝廷的制度，六部各設有尚書一人正二品、左右侍郎各一人正三品，都察院設有左右都御使正二品、左右副都御史正三品、左右全都御史正四品，下轄十三道監察御史一百一十人。
這些機構南京也是有的，但與北京六部仍有區別南京的六部是沒有左侍郎的，吏部的衙門也沒有員外郎，南京都察院也沒有左都御史。
南京六部平時基本上沒有什么事，比如南京刑部只能管理南京的案件，別的地方的案件無權審理；南京的吏部也是只能考核南京地區的官員。大部分的南京衙門都是養老的圣地，大家從北京退休就到南京享受待遇，不亦快哉。
但是這并不代表南京的衙門就不重要了，作為鞏固大明帝國陪都的系統，南京六部在關鍵時刻比如說清兵入關還是能發揮作用的，至少直接就能接管半壁江山，可見平時大家都認可“南京管理南方”這一思路。不過平時南京的最高行政機構卻不是南京的六部，而是南京的“守備會議”。
南京平時是設立一個守備的，作為替天子看守南京的存在，南京守備大部分都是王公大臣，其中絕大多數時候由魏國公出任。而由守備、參贊、內守備等官組成的守備廳會議，則是南京最高權力所在。