這個組成有一定的制度性，其中南京參贊機務是南京兵部尚書兼任的，所以南京兵部尚書也是南京六部里面作為特殊的存在，它確實是有實權的，而且實權很大，所謂“故其職視五部為特重云”。
北京六部里面吏部尚書被稱為“天官”，可以掌握四品以下官員的升遷任免，對于更高級官員的任免、調整，天官也有極強的建議權。但是南京六部里面則以南京兵部最強，可以掌握南京地區所有的軍隊訓練和守備軍費，也就是說南京兵部尚書在關鍵時刻可以調動軍隊支援北京。
不過南京的六部畢竟是陪都的六部，實際上無論干什么都得被北京六部牽制。比如說南京的禮部想要舉行祭祀活動就得先請示北京禮部；南京吏部的官員選拔被北京吏部掌握；南京戶部的財政雖然自己去收，但收完之后得上交給北京戶部諸如此類。
所以實際上也有不少南京官員感覺很憋屈，畢竟雖然名字差不多，官員地位指行政級別按理說也一樣，但是實際上北京官員是正妻，南京官員只能算妾侍。
申時行的看法是，高務實可能會利用南察掌控南京六部實際管理各項事務的郎中、主事們與北京六部一樣，尚書、侍郎不可能親自管理到具體細節，細節事務的管理權都在各部各司郎中和主事的手上。
郎中正五品，主事正六品，都在南察的范疇之內。在申時行看來，高務實要直接換掉南京六部的堂上官還是很難的，但如果只是換一些郎中、主事之流，在祭出了海剛峰之后，那就完全可能辦到，而這樣也能實際掌控南京的行政體系反正尚書侍郎們在大事上也得聽北京的，這么做等于把南京六部架空，上下兩不挨。
至于守備會議，南京守備勛臣是高務實捧起來的魏國公徐邦瑞，南京內守備是陳矩的人，僅剩一個南京兵部尚書又是個中立派，高務實不必插手也不會壞他的事。
不過王錫爵的觀點和申時行卻不同，他認為高務實不會“全面開花”，而一定會有所側重。這個側重，王錫爵認為十有八九會是在財政問題上。確切的說，很可能應在南京戶部頭上。
南京戶部也是有一定實權的，它負責征收南直隸以及浙江、江西、湖廣諸省的稅糧此四地所交稅糧幾乎占了大明一半，同時還負責漕運、全國鹽引勘合。
特別是鹽引堪合這件事，明朝從始至終一直由南京戶部負責這一事務，其中只有兩年南京戶部不負責這個事務正德三年，劉瑾變法，改由北京戶部負責，“南京引板，俱令銷毀”；但在正德五年，劉瑾被誅后戶部奏請“刷印鹽引，仍隸南京戶部”，獲得批準。此后一直未變。
另外南京戶部還管全國黃冊的收藏和管理，這些東西存于南京玄武湖。順便南京戶部侍郎也因此經常兼任總理糧儲。
王錫爵的目光落點在稅款和鹽引上，他認為高務實最有可能對這兩方面動手。
糧稅不是商稅，南京方面管著的四省歷來是繳稅大戶，而在“海瑞戰徐階”之后，一條鞭法已經在南京諸省實行十幾年了，現在這四地都不再收取糧食等實物稅，而是通通該征銀兩、銅錢。
如今高務實做了戶部尚書，按照王錫爵對他的觀察了解來看，這位高司徒對于稅收問題格外固執，很難相信他會放心南京戶部自己搞這一套。
尤其是，南京方面去年征收的稅額還不達標，少了七萬三千多兩銀子，理由則是去年春夏之交遭受了風災，影響了浙江等地的收成。
王錫爵當時人在蘇州，自然很清楚這件事是瞎扯。風災倒是真的，造成的影響也的確是有，可是這事和征收糧稅稅款實際上并沒有太多的關系。
為什么因為朝廷收稅的額度是相對固定的，不會因為你受災而變動額度。只有一種情況除外，那就是皇帝特批，某地因受災而免稅，或者明確準許某地某年減征多少。
朱翊鈞前些年因為朝廷比過去富裕了不少，經常性批準減免稅收，其中以皇莊改革的那一年最狠，全國各地加起來減免稅款高達七十萬兩，雖然當時高務實不管財務，也差點被氣死了。