與此同時，舒爾哈齊還積極發展與烏拉的關系。萬歷二十四年、二十六年和三十一年，曾先后三次與布占泰聯姻，其政治影響已逾越了部落的屏障，實力也大大加強。在建州女真內部，舒爾哈齊也因“得眾心”，終于成了與努爾哈赤抗衡的一支主要力量。
由于思想上的分歧，舒爾哈齊與努爾哈赤的政治關系則日益緊張。“在國家大政中”不時發生激烈爭吵。
政治上的對立，必然導致軍事上的不合作和對立。史載萬歷二十七年九月，努爾哈赤率兵征哈達。在如此重大戰役中，舒爾哈齊先是“按兵不戰”，繼而又“填擁于前”，致使努爾哈赤陷入被動挨打之境地，“軍士多被傷者”，這與其說是消極，倒不如說是對立。
又如萬歷三十五年三月，努爾哈赤命舒爾哈齊等率兵取烏拉所屬蜚悠城，舒爾哈齊偏袒烏拉、消極對抗的態度已十分明顯，他先是欲退兵不戰，后又滯留不追。
戰斗結束后，工于心計的努爾哈赤以“抗命”罪欲誅舒爾哈齊所屬二臣，削其力量。舒爾哈齊則立即“攤牌”，以“誅二臣，與我死無異”的強硬態度，迫使努爾哈赤作出讓步。至此，其兄弟關系終于走到勢同水火的地步。
如今這一世界里，時間還只是萬歷十六年年初，而且去年因為蝴蝶效應的關系，努爾哈赤先是因為與圖們勾結而被大明警告，現在又因入侵董鄂部而遭到討伐，所以并沒有來得及稱王，因此他們二人在女真內部依然是“寧古塔大貝勒”、“寧古塔二貝勒”的身份。
然而，這并不妨礙舒爾哈齊思想的轉變比原歷史上更快。
因何而快當然是因為大明對他的支持遠比原歷史上更給力。
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