事實上，他的擔憂并無道理，因為軍費龐大，為了彌補國庫空虛，朝廷只好增加稅收，“其后接踵三大征，頗有加派”，致使人民負擔沉重，百姓怨聲載道，而這也為明朝的滅亡埋下了伏筆。
其二，援朝戰爭導致明廷內部矛盾加劇，黨爭激烈。先是以李如松為首的武將與以宋應昌為首的文臣，在戰爭中因政見不同而產生矛盾，在戰后又因論功行賞產生摩擦，雙方各自為自己的陣營謀劃利益。
在此次支援朝鮮的明軍中，分為北兵和南兵，北兵善騎射，但他們攻城卻很受限，而南兵多炮手，攻城時發揮了巨大的作用。但在論功行賞時，卻使北兵居上，從而引起了南兵的不滿。史載“南北軍不和，軍中流言傳布”。
此外，東征將領頻繁更替，經略由宋應昌替換為邢玠，提督由李如松換為麻貴，兵部尚書由石星變更為李禎如此一來，朝廷矛盾重重，加劇了政局的不穩定性。
萬歷二十一年，當戰爭進入和談期時，明朝內部卻圍繞是戰是和爭論不休。不久后戰事再起，沈惟敬、石星等人受到彈劾；
二十五年，贊畫主事丁應泰彈劾楊鎬“貪滑喪師，釀亂權奸，結黨欺君”等一系列罪名，隨后，麻貴又彈劾楊鎬與其副將李如梅私通倭寇，“媚倭將清正，與之講和”。自后，楊鎬被罷官。
這一系列的彈劾，反映了明朝內部林林總總的矛盾黨派之爭、主戰派與主和派之間的斗爭、文臣和武將的斗爭、南兵與北兵的斗爭等等，更加加劇了朝局的不穩定性，也進一步削弱了明朝的實力，為后來努爾哈赤的壯大了可乘之機。
最后一點，也是最重要的一點，就是援朝戰爭導致明朝遼東地區軍事力量的削弱，這是導致努爾哈赤崛起的一個重要因素。
遼東地區因為地理上最接近朝鮮，成為了最先派出兵力開往朝鮮救援的軍隊。但是，自開戰以來至萬歷二十八年，遼東地區的九萬五千士兵，能參戰的僅有四萬左右這就是所謂李成梁嫡系原歷史中曹簠沒被人救出來，曹家軍實際消散。
此外，除了遼東地區外，明朝還從全國各地陸續調兵前往朝鮮，先后投入約10萬左右的兵力。但朝鮮戰場猶如一個爛泥潭，致使明軍損失極為慘重，在整個戰爭期間，明軍共傷亡三到六萬，戰馬損失亦極大。
這場戰爭使得明朝軍事力量受到削弱，尤其是遼東地區，過多地抽調兵力造成本地防守空虛，從而為建州女真的崛起了可乘之機。
壬辰之戰時期及之后，努爾哈赤一邊與明朝虛與委蛇，一邊加緊了統一女真的步伐，逐漸收服了海西女真四部，而后蒙古與野人女真皆被努爾哈赤、皇太極父子逐漸征服。
但受到影響的只有大明嗎不然。萬歷二十六年，也即1598年年末，豐臣秀吉的軍隊回到日本，七年征戰幾乎一無所獲。
他們確實掠走了很多朝鮮奴隸，后來這些人或是被迫在農田勞作，或是在奴隸市場被販賣；他們確實抓走了有著先進技術的朝鮮陶工，日本的陶瓷工業因此而繁榮；他們確實帶走了大量銅活字，為日后日本印刷業短時間內的蓬勃發展奠定了基礎。
另外，有數千冊珍貴圖書被掠奪回日本，很多被收入德川家康修建的圖書館，日本人因此掌握了書中的知識。朝鮮的繪畫、卷軸和宗教用品同樣損失慘重，甚至連石塔和珍木也沒有幸免。
正是因為這些掠奪來的物品，后來的日本人才會將豐臣秀吉的大陸侵略戰爭稱為“陶瓷之戰”或“活字之戰”。
然而，和成千上萬喪生的日軍士兵對死亡者數量合理的估計在七萬到八萬之間，其中一部分死在戰場上，更多的人死于艱苦的環境和疾病，以及為了支撐這場戰爭從日本經濟中抽取的巨大財富和資源相比，文化領域的發展只能說是聊勝于無。