如果無法攫取大量新土地，如此巨大的代價必定得不償失，而秀吉的軍隊沒能達成上述目標。因此，日本人將秀吉野心勃勃的征服亞洲之戰總結為另外一個詞“龍頭蛇尾之役”，即開始時雄圖壯志，到頭來兩手空空。
朝鮮之役結束一年多以后，日本的和平岌岌可危。豐臣秀吉的繼承人豐臣秀賴年僅五歲，而豐臣秀吉給他安排的“監護人”前田利家也于次年去世，德川家康再無強大掣肘。
戰爭的陰云籠罩在整個日本上空，內戰的兩大陣營開始劃定。
一方是德川家康，他被認為是后秀吉時代日本實力最強的大名，得到越來越多的支持，因此實力更勝一籌。
支持德川的大名大多在東日本，德川自己的領地也在這里。參加過朝鮮之役的老將，如黑田長政、鍋島直茂、宗義智和對秀吉忠心不二的加藤清正加藤支持德川的例子，很好地說明了大名僅僅效忠于秀吉本人，因此在他死后迅速改換陣營。
另一方是反對德川的大名們的松散聯盟，他們主要來自西日本，以五奉行之一的石田三成為首。同德川一樣，石田也宣稱自己只是為了維護秀吉的遺產，不過實際上他也懷著奪取統治權的個人野心。
支持他的大名包括以下幾人朝鮮之役中的重要人物宇喜多秀家，他是壬辰戰爭中侵朝日軍名義上的總大將，也是五家老之一，曾發誓要保護秀賴；五家老中的另一位毛利輝元，他曾經指揮日本水軍同李舜臣交過手；九州的基督教大名小西行長，他在兩次入侵中均是先鋒，參與謀劃了停戰期間的大部分外交騙局；泗川之戰的勝利者島津義弘，他割下了大量鼻子作為戰利品；小早川秀秋，他是小早川隆景的養子，后者是在1593年的碧蹄館之戰中擊敗明軍的九州大名。年邁的隆景死于1593年，享年六十五歲，沒有子嗣。
關原合戰以東軍的勝利告終，戰爭結束后，發生了所謂的“日本史上最大規模的轉封”，反對德川的八十七位大名的領地被沒收，然后被賞賜給幸運選對陣營的大名。
在這場前所未有的大動亂中，豐臣秀吉之子秀賴沒有被廢黜。他保住了大阪城及其周邊六十五萬石的領地，雖然只有他的父親留下來的三分之一，不過仍然是日本領地最大的大名之一。
德川家康知道，除掉這個孩子的時機還未成熟，日本人還沒有忘記秀吉的權威。現在離太閣之死不過兩年，如果選擇在此時徹底顛覆豐臣家，那些剛剛向德川宣誓效忠的大名勢必會生叛心，同盟必然瓦解，部分大名會選擇站在秀賴一邊。從取得關原合戰的勝利到滅亡豐臣家，德川家康又耐心地等待了十四年。
與此同時，壬辰戰爭對朝鮮的影響比對日本還要大得多。戰爭期間，成千上萬的朝鮮人因秀吉的侵略直接喪生，其中既有浴血疆場的戰士，也有手無寸鐵的平民。除此之外，戰爭導致大量人口流離失所，很多人死于接踵而至的饑饉和疾疫，再加上那些被掠為奴隸再也沒能回家的人，朝鮮損失的人口很可能高達兩百萬，大約占全國總人口的20。
日本人在第二次入侵時推行的焦土政策，以及農民棄田外逃的現象，給朝鮮經濟造成了沉重打擊，特別是南方的糧倉慶尚道和全羅道。朝鮮農田的損失率高達五分之四，這不僅意味著食物供給嚴重不足，也意味著政府稅收收入大幅減少，而當時的政府急需稅金重建國家。
朝鮮從未從這次打擊中完全恢復過來，戰爭結束百年之后，它的耕地數量仍然沒有恢復到戰前水平。戰爭結束兩百五十年后，曾經的王宮景福宮仍然是斷壁殘垣。
這種衰落又導致了另一個嚴重后果，即當努爾哈赤建立后金因為小冰河期的影響以及努爾哈赤自己作死的排斥漢人政策，后金開始出現嚴重的饑荒，于是后來不得不南下征服朝鮮朝鮮一觸即潰，被迫上貢，開始了既對大明稱臣，又對后金稱臣的“雙端上貢”，國內水深火熱、一團亂麻。
整個東北亞的局勢，都被這場戰爭所影響，而且幾乎全部都是消極影響。這顯然不符合高務實的理想他希望捏合這些力量用于對抗“西風東漸”。
如何讓壬辰之戰的消極影響盡可能降低，同時利用這場戰爭達成他“不可告人”的目的，這才是高務實如家長般操心的真正原因所在。
不過，高務實擔心自己的后手安排得晚了些，這卻有些小看了高逸民，或者說小看了京華在遼東的力量。