首先，他受到時代的局限性，很少有人的思想，能夠突破時代主流思想的桎梏；其次，他受到個人階級的局限性，他所處的階級和生活方式，很大程度局限了他的見識；再次，他受到了個人教育的局限性，人的思想是后天形成的，教育讀書這種間接經驗，也會嚴重影響其思想。
對于明朝的土著皇帝來說，他不可能突破時代的局限，看到歷史發展的潮流和方向。他被束縛著宮廷中成長的個人經驗，也讓他嚴重缺乏對整個社會的認識。
高務實發現，歷史上幾個偶然成長在民間的皇帝，個人能力幾乎都非常強。
最后一點，則是土著皇帝受到的教育也是傳統儒家思想那套，他也基本上不可能突破這套思想的桎梏。
嘉靖與萬歷最大的不同，就在于嘉靖是藩王世子“小宗繼承大宗”入京為帝，而朱翊鈞是由少年太子而為少年天子，他接受的都是文官集團給他安排好的儒家教育。
這一世的朱翊鈞稍微幸運一點，因為有了個高務實在身邊，旁敲側擊地給他一些新思維影響。然而限于高務實的身份，這些影響也是有限的，是有所克制的。
思想上的局限，會造成其行為的局限。連想都想不到的事情，怎么可能去做到思想上面的殘疾，比肢體的殘疾要可怕的多，因為你根本意識不到自己是殘疾
文官集團在道德禮儀、信息掌握、行政執行和意識形態操控等方面，對皇帝形成了全方位的制約。作為帝王你高高在上，看似無所不能，其實是一個大號的泥胎木偶你看到的信息是失真的，你決策的事項是高成本低效率執行的，你想做的變革和調整必須要符合文官集團的利益，同時還要符合道德禮法的主流意識
皇帝們或許很少總結這些，但皇帝們一定能意識到一些，所以在原歷史上，皇帝們都更喜歡用自己熟悉且相對“聽招呼”的重臣。無論是嘉靖用嚴嵩，還是隆慶用高拱，亦或者萬歷用張居正，在這個根源上區別都不大。
無論這位首輔是忠是奸，本質上都是他將皇帝忽悠瘸了。至于接下來的事，只能看這位首輔的良心。
文官制衡皇帝，最常用也是最有力的武器是倫理道德，倫理道德是我們這個敬天法祖的國家的根基，是和平年代皇權的授予者，是運行國家機器、維持地方長治久安的工具，同時也是幾千年來這個國家所有人包括皇帝本人內心中根植的絕對理想與理念。
文官熟讀四書五經，又通過了科舉考試，無疑是這個國家對倫理道德那一套最熟悉的人，他們可以讓一切事情與合適的道德掛上鉤，并以此來要挾皇帝、使事情符合他們的意愿、對事情做出合理的解釋。
他們甚至從皇帝小時候開始就教授他倫理道德，以便于皇帝長大后能更好的間接治理國家。事實上，對于國家實際的運行，文官集團才是真正的核心，皇帝不過是一個傳統權力的象征罷了，無非因為傳統的根深蒂固，以及沒有新的意識形態替代，才讓皇位如此的不容置疑，這也讓道德倫理對于皇帝更加的重要了。
在這種時候，李如松作為實際上的被統治者，要求與實際上的統治者平權，怎么可能取得成功哪怕在皇帝這個名義上的統治者多方保護之下，他也依然會死意外戰死也是死啊，你看那位老老實實與文官集團搞好關系的戚繼光，他怎么就不會意外戰死呢
更讓人心底發寒的，則是朱翊鈞本人極有可能洞悉了其中的內情，所以至始至終放任和包庇李如松。他知道他不管怎么保護，李如松遲早都會死。而在這個反復拉鋸的過程中，尾大不掉的李家軍會被嚴重削弱，直至沒有威脅。
這意味著，皇帝實際上默認了文官集團的強勢，也無意在“以文御武”是對是錯方面搞什么撥亂反正。或許在皇帝所接受儒家教育所形成的思維中，這本身就是正確的，他的所作所為，出發點都只是穩定統治。