由于這種出身，“羅馬教會”和君士坦丁堡的正教教會沒有什么淵源。
那時候，在正教教會看來，他們這可能都超出異端了。張牧首整理教義，實際起到了正規化的效果，反而讓“羅馬教會”的理念更接近正教一些。最起碼，把一些更離譜的、“大汗就是天兄的轉世化身”之類的說法壓下去了。真論起來，君堡教會還得謝謝人家呢
當然，即使如此，正教方面也就是發發牢騷，沒有做什么。
東羅馬的教會和羅馬教廷不同，受皇帝和朝廷約束很大。雖然他們也頗具勢力，擁有不少地產和忠實信徒，有時甚至能號召民眾鬧事，給皇帝施壓，但這些終究都要依賴于各路政治勢力，借助他們之間的博弈才行施展。正教教會本身，是沒有羅馬教廷那么大的獨立行動能力的。
之前有段時間倒還好，因為一些大貴族和皇帝不和，大家經常需要拉攏教會，讓他們有了一些討價還價的能力。
但很可惜，到紫帳剛剛興起的這會兒，東羅馬已經沒有多少拿得出手的、真正有家底的大貴族，教會自己的產業也很小了。
因為奧斯曼的頻繁進攻，大貴族們要么破產，要么投敵。簡而言之就是快被奧斯曼削藩削完了。
君堡教會當時甚至沒工夫進行正式的譴責那會兒希臘官家們正在內斗，教會勢力也深度卷入了其中，大家忙著內訌，也沒心思管他們。
等紫帳汗國入主君士坦丁堡之后，“羅馬教會”也不認為自己是重歸正教會，或者兩個教會合并。他們認為自己是來“接管”希臘教會的。
這倒不是因為他們排斥正教教會，當時“羅馬教會”還是把自己歸入正教的。但信仰歸信仰，組織歸組織，這是兩回事。
“羅馬教會”是紫帳汗國的官方組織，郭蓋整頓汗廷官職，設立省、部之后，就始終是禮部直屬，大牧首一般也掛個侍郎乃至尚書的職務。
而且，這并不是虛職。因為紫帳汗國文教水平不如中原，所以郭蓋和張牧首等人一直在有意識地借助教會，進行教化和管理工作。比如現在，羅馬尼亞地區各個農莊的“文職百戶”，編制就是教會派出的，要負責相當多的文書和教育之類的職責。
在他們之，直到行省的牧首，都是官府的一部分，考核和升遷由吏部決定，監察則由中書省眾長吏之一的郵驛尚書負責。
吏部那邊用的是唐朝的老制度，而郵驛官員負責監察，既是漢代就有的習慣，也是東羅馬自己摸索出來的經驗。連郵驛尚書這個職位，都是羅馬官職直接搬過來的。
雖然和紫帳其他官制一樣，處處都是雜糅，但在這邊很好用，一直延續到現在。連希臘人自己，真到掌管國家大事的時候，也覺得還是這套更好用。“羅馬教會”的州府司祭巡察、神父坐堂定時輪換之類的制度，還是希臘太后引入的。