政權里的南遷者，故意借此對付當地的實力派，把他們強行遷走，然后霸占他們的土地、房產和商棧。而當地人也不甘示弱，借助自己的高層人脈去對抗外來包稅人。雙方甚至出動打手和刺客，在街頭直接動武。一時間，城里烏煙瘴氣，更加混亂了。
到瘟疫爆發，這些地方的情況也沒有好轉。城內外的不同區域，也沒法建立相互獨立的管理系統。很多人雖然搬到了其他地方，但依然私自來回跑，馬穆魯克們也管不住。等城里開始出現人員大量死亡，大家才慌了起來，開始試圖認真進行隔離。
但是，完全阻斷各個區域的聯系，也是做不到的。其他不說，港口自己不產糧食，這些吃的東西，都得從外面運來。而掌握港區的科普特商人，借此大肆收受賄賂，囤積居奇。一個大餅的價格，比之前漲了幾十倍，導致城區人心惶惶。
另一方面，各個區域的管理也形同虛設。只要花錢，就能從這些人手里獲得通行證，自由來往。因此，瘟疫還是很快就擴散到了所有區域，包括軍營和富人區。
在黑死病面前，權勢、信仰和金錢都失去了意義。謝赫雇傭的貝都因部落兵大量死亡，剩下的人倉皇逃走，回到偏僻的沙漠邊區，不敢來了。
那些南下的豪族和包稅人，自從逃離下埃及之后，都在抱團行動，希望以此保證自己的安全。而且，他們還經常在各個區域頻繁來往，尋找斂財機會。所以，在黑死病期間，這些人的損失，比以往還要嚴重的多。
等瘟疫高峰過去，他們聚集的庫斯港富人區，已經十不存一。不少包稅人整家整族地死亡，大量剛剛被他們圈占的房產，又空余了出來，甚至找不到能接手的人；大白天，胡狼和禿鷲，就在這些曾經讓周圍人不敢奢想的豪宅里公然出沒，尋找食物。
上埃及的地方豪強，紛紛學著，開始閉門自保，和蘇丹政權幾近斷絕關系。維持上下層之間往來的包稅人和文官階級，幾近全軍覆沒，導致本來就脆弱的蘇丹政權，這下幾乎全盤崩潰了。
謝赫本人住在盧克索的營地里。這個地方，就是遠古時候，埃及的舊都底比斯。別的東西可能不多，但城外的各處荒地、島嶼上，各種建筑遺跡，倒是遍地都有，提供了良好的臨時遮蔽場所。
瘟疫爆發之后，居民們習慣性地逃出城，跑到那些廢墟里避難。謝赫多堅持了一段時間，眼見秩序已經完全崩盤，也被手下架走，倉促南逃到阿斯旺一帶，躲到尼羅河中間一個島嶼上。在那里的異教神廟遺跡中，暫時駐扎下來。
可能是因為古埃及人支援未來的遺跡比較多，大家跑得比較分散，所以損失的相對少一點。瘟疫結束之后，謝赫等人陸續返回，又收攏屬下，得到了一批幸存者。但之前的一系列狀況，讓他心力交猝，一時間也無力再做什么了。
之前的歷次黑死病，謝赫和埃米爾們也經歷過。如果只是那幾次的翻版，那么雖然會造成嚴重損失，但是大家已經習慣了。而且，黑死病也不分你是哪一方，內戰的兩邊都會受到削弱，對結果其實影響不大。