而另一方面，由于之前的習慣，很多地方上的包稅人和官商，都是讓科普特人，以及猶太人、意大利人之類的異教徒和外族來擔任的。因此，謝赫政權里，現在充斥著大批這種跑路南下的人。他們南渡之后，在蘇丹政權里，甚至具有人數優勢。
謝赫政權的一部分堅定支持者，是那些嚴格反對異教徒的教士。但目前這個情況，科普特人的地位，反而提高了。謝赫和他手下的埃米爾們，也對這些大金主言聽計從，給足了面子。這樣一來，教士們就很尷尬：大伙就是為了反對異教徒執政，才投奔你來的。結果你這邊，還是一堆異教徒在執政。那費這么大力氣跑過來，到底是為了什么啊？
不過這個時候，羅馬方面也在抓緊時間進行各種民政工作，同樣沒有精力繼續進攻。局勢穩定之后，郭康宣布，因為急缺人員，因此準備打破之前上千年的習慣，開始招募有能力的本地人，充任基層管理工作。并且保證，如果有政績，還可以繼續進行提升。
這之后，大批當地人都對羅馬政權轉變了態度。鄉間的“費拉”，還有城里的商人、工匠，乃至一些基層教士，都選擇了加入行省政府，謀個職位。
朝廷派來的官吏，數量很有限。郭康為了預備對付瘟疫，又大幅擴充行政編制，不斷培訓人員，以求進行更細致的管理。軍團能提供的人手，都很不夠用。中下層的大部分崗位，幾乎都被這些人填充了。
因此，行省以下，各級衙門里，充滿了埃及本地的天方教信徒。這又引起了傳統的“文官集團”，也就是科普特人和一些天方教外來族群的不滿。
到后來，羅馬這邊的天方教徒和蘇丹政權的科普特教徒，天天隔空對罵。兩邊都在指責對方討好異教徒，迫害教友。不過最后，也沒吵出來什么。
瘟疫的到來，結束了這種混亂的對峙局面。
發現郭康這邊在進行防備之后，謝赫等人也感覺到了不對勁。開羅人口眾多，這些大規模的人員搬遷和衛生清理工作，不可能瞞得過其他人。臨戰的時候，還花心思搞這么大動靜，明顯就不對勁。
再加上，春夏時節，本來就是黑死病多發的時候。因此，雖然不相信他們能戰勝瘟疫，謝赫也多了個心眼，開始試圖模仿羅馬方面的各種政策，尤其是其中那些比較簡單，而且看起來應該有利于對付瘟疫的部分。
然而，蘇丹政權在這方面先天不足。當年控制開羅的時候，他們都沒法管住囤積居奇的商販和上下欺瞞的包稅人，現在這個情況，就更加不可能貫徹下去了。
謝赫試圖把人員進行分流，將幾座港口和城市里的閑雜人等搬遷出去。但命令下達之后，他手下的官員很快開始借此牟利。那些和包稅人關系好，樂意花錢投獻的人，就能留下來；而其他人，則會被故意遷走，丟到城外荒野去做苦工。