此事最奇怪的是“死、傷者皆裸體”，為空前罕見的怪事，令明末清初的名人學士大惑不解。例如
有一紹興人士周吏目的弟弟，名周季宇，當天上午去菜市口買一藍紗褶，中途遇上6個友人，于是停下行禮拜揖。禮還沒拜完，頭忽然飛去，而另外6個人卻纖毫未傷；在粵西會館路口，有一學館，其中有學童32人，一響之后，先生和學生俱無蹤跡；宣府新推總兵正出門拜客，走到圓宏寺街時，一聲巨響，一行7個人都沒了蹤影，同時消失的還有一匹據說是花千金才買到的寶馬；承恩寺街有一女轎經過，震后，只見打壞的轎子仍在街心，而女子、轎夫都不見了；而經過玄弘寺街的女轎則幸運多了，一響掀去轎頂，轎中女子身上的衣服沒了，人卻沒事。
很多死者和傷者均赤身裸體，寸絲不掛。有一長班侍從，巨響之后，帽子、衣褲、鞋襪一霎那全都不見了；有一人因壓傷一腿躺在地上動彈不得，見街上婦女赤體而過，有的用瓦片遮住下身，有的用半條腳帶遮掩著，有的披了半條褥子，有的披著一幅被單，一會工夫就過去了數十人，那人見了哭笑不得。
屯院何廷樞正要出門拜客，大震一聲后，全家人被埋入土中。何廷樞的兩三個文書手持鍬镢站在瓦礫上，大呼道“底下有人可答應”忽有人應道“救我救我”眾人問道“你是誰”應道“我是小二姐。”原來是何廷樞的愛妾。文書趕緊把她刨出來，只見她“身無寸縷，以手掩陰，羞赧無措”。一文書急忙脫下大褂給她蓋上，扶著她騎驢走了。
震崩后，有人報信說，許多紅細絲衣等都飄至西山，大半掛在樹梢上；還有的飄到了昌平教場中，器皿、首飾、銀錢無所不有。戶部張鳳逵派長班前去驗對，果不其然。豐潤等縣治，樹上也掛滿成堆的衣服；還有的人，突然莫名其妙地出現在別人家中；“更有失手足頭目于里外得之者”。而落在昌平州教場的衣服成堆。戶部管民政的機構派長班去昌平查驗，長班回來報告果然衣服、器皿、首飾、金銀、鞋襪俱有。戶部張鳳奎將此事寫入奏折向皇帝匯報。
文獻中“但見飆光一道，內有大光”，“煙塵障空，白晝晦冥”等記載與現今科學證實了的隕石墜落時會出現的情況很吻合。而且當隕石墜地時會發出巨大的震動、聲響，這與記載中的“有聲如吼”也一致。不過“隕石說”又難以解釋爆炸發生之前出現的那些情況，以及為什么會將幾噸重的大石獅子拋到數里之外。對于隕石墜落這樣一件大事，在歷來重視天文觀測的中國，有專門的天文水利觀測記錄中卻點滴未見，很難解釋得通。
龍卷風災難說
龍卷風是一種小范圍的強烈旋風，壽命短，屬于小尺度對流性天氣系統。因此，龍卷風的發生必須具備對流性天氣發生的條件。龍卷風具有很大的破壞力，所經之處，樹木、房屋、農作物等都可能被席卷一空，撕得粉碎。但震后有人入京報告，西山飄來大量衣服掛于樹梢，隨風飄揚。昌平州教場中衣服成堆，器皿、首飾、銀錢也落得滿地都是。選擇性地轉移物品，沒有人感覺到風的存在，說明災難當時沒有發生龍卷風或颶風。
火藥焚爆說
對于這次巨大災變，明末清初的志、史書中多認為起因是“王恭廠災”，意為皇家部隊的火藥庫爆炸引起的。王恭廠明中葉一度制造過火藥。我國是世界上火藥的發明國，也是最早使用的國家，早期古代制造火藥系為兵卒釋放作為聯絡信號，另外，明代是中國科技史上的一個重要發展期，其中軍事科技，也不例外，得到了大發展，有可靠資料顯示中，明代軍隊對于火藥的使用非常廣泛，明朝中后期，明軍使用火器的部隊，高達百分之六十。另外百分之四十分別為百分之二十的騎兵和百分之二十的步兵，其中騎兵亦有一部分使用火器的騎兵，因此可知，王恭廠，確實有一定數量的軍火儲存，王恭廠附近有兵營和軍火庫以及兵工廠，駐有士兵，但其規模比不上現代中國的兵工廠大。即使是軍火倉庫里火藥成堆，但當時的黑色炸藥威力相對較小，所以就有人推測，就算全部點著，也不過將軍火庫以及周圍的房屋燒光、焚爆為平地而已，絕不會死傷數千數萬人。特別是當時的司禮太監若愚明確記敘“王恭廠”是負責管營建的皇家部隊后勤部。有錢、糧草、馬匹是真的，也不排除有儲備火藥的庫房，所以將都城災變一起推給王恭廠爆炸是錯誤的。當然，王恭廠也在爆炸范圍內，居住附近的百姓說王恭廠有鐵砂紛紛飛散，但這是在“蘑菇”云、“靈芝”云落地之后，沖擊波摧毀了小火藥儲蓄室必然的結果，絕非王恭廠失火引起的災變。況且史、志各書如實記載這次災變“不焚寸木”、“焚燎之跡全無”，因此，也有人認為王恭廠，是災變的受害者，根本不是災變的罪魁禍首。
史書記載編輯
關于大爆炸的情況，在明實錄熹宗實錄、國榷、宦官劉若愚所著酌中志、北京史地著作帝京景物略、宸垣識略中都有記載，尤其是根據當時屬于官方的、相當于現在政府新聞公報性質的邸報底本，佚名抄撰天變邸抄對王恭廠災變記述極為詳細。
明宮史
明朝天啟皇帝的司禮太監劉若愚，是這次大災變的目擊者之一，在他所著的明宮史一書中，詳盡地記述了這場巨大災變
“天啟六年公元1626年五月初六辰時注上午79點，忽大震一聲，烈逾急霆，將大樹二十余株盡拔出土，根或向上，而梢或向下；又有坑深數丈，煙云直上，亦如靈芝，滾向東北。自西安門一帶皆飛落鐵渣，如麩如米者，移時方止。自宣武門迤西，刑部街迤南，將近廠房屋，猝然傾倒，土木在上，而瓦在下。殺死有姓名者幾千人，而闔戶死及不知姓名者，又不知幾千人也。凡坍平房屋，爐中之火皆滅。惟賣酒張四家兩三間之木箔焚然，其余了無焚毀。凡死者肢體多不全，不論男女，盡皆裸體，未死者亦皆震褫其衣帽焉。”