1635年天聰九年農歷九月，因為代善私自設宴款待，并饋贈財帛給怨恨皇太極的姐姐哈達公主，皇太極登門責問代善是何居心。之后，皇太極召集諸貝勒大臣會議，羅列代善一系列罪名，并予以當面斥責“古往今來，無論強大的君主，幼小的君主，擁戴為君的，都是君主。既為君主，就要一統制令，怎能不分輕重而今，正紅旗代善所統貝勒等輕視君主之處太多。大貝勒以前隨我征伐明國，違背眾貝勒意愿欲中途回軍。出征察哈爾時，又固執欲回。此外，賞罰不公，偏袒本旗。我喜歡的人，他討厭，我厭惡的人，他喜歡，這不是離間相互關系嗎”
皇太極在歷數代善罪狀后，宣布閉宮不出，要眾貝勒另選他人為君。于是眾貝勒集議，給代善定罪，并跪請皇太極親政。眾貝勒一致譴責代善蔑視汗王的行為，擬革去大貝勒，并削和碩貝勒職，奪去十牛錄人口。皇太極給予從寬處理，免革貝勒職，免奪十牛錄人口。代善被責以后，克制退讓，自居臣僚。
壓抑晚年
1635年天聰九年農歷十二月，代善和諸貝勒再三勸進，擁戴皇太極為帝。當皇太極要諸貝勒立誓以表忠心時，因為代善年邁，命令他可以免去立誓，代善卻堅請參與盟誓。經皇太極同意后，代善對天立誓說“代善誓告天地，自今以后，若不克守忠貞，殫心竭力，而言與行違，又或如莽古爾泰、德格類謀逆作亂者，天地譴之，讓代善不得善終。“
1636年崇德元年農歷四月，皇太極即皇帝位，建國號為大清，改元崇德。冊封大貝勒代善為和碩禮親王，其子岳讬為和碩成親王，世襲罔替。農歷五月，代善第三個兒子薩哈廉病逝，皇太極特意和代善、岳托去渾河觀看漁獵，以解代善之憂。八月初十日，皇太極就諭令鄭親王濟爾哈朗等集議岳讬之過，議定的五條罪狀中第一條便涉及代善。盡管這些罪過缺乏根據，難以成立，可是諸王竟將此定為大罪，擬處死岳讬或“籍家”。后來皇太極下諭，岳讬免死釋放，革王爵為多羅貝勒，罰銀一千兩。同年冬，代善跟隨皇太極討伐朝鮮。
1637年崇德二年六月二十七日，皇太極命追論征朝鮮時諸王大臣違犯軍紀之過。法司給代善定了六條罪一、違令多收十二名侍衛；二、誣稱系吏部車爾格令其多收；三、明知多收侍衛而說不知；四、以戴翎侍衛充當使令下役；五、違制在朝鮮王京養馬；六、妄遣家丁私往造船處。法司擬議革代善親王爵，罰銀一千兩，馬匹人丁入官。皇太極召集王公貝勒大臣，當眾宣布這些罪狀，羞辱以后，“悉宥之”，但卻斬殺庇護其主的戶部參政恩克。
1638年崇德三年農歷十二月二十七日，代善自行檢舉說“我延誤了排班，可以送去法司審擬。”法司審理核實定罪，被皇太極赦免。
1639年崇德四年農歷五月，傳來代善的兩個兒子岳托和瑪占率軍征明均歿于軍中死于1638年，崇德三年。噩耗傳來，代善下馬倒地痛哭，良久，皇太極命左右扶代善上馬，且哭且行的過程中，代善再次哭倒于馬下。喪禮過后，因代善家居痛悼，農歷十一月十四日，皇太極率諸福晉，和代善以及諸貝勒、文武官員等，去葉赫狩獵，農歷十一月十六日，至拜虎地方折回。時值冬至祭天日，打獵來到一個叫盈格的地方，代善騎在馬上射獐子，馬匹跌倒導致代善腳部受傷，皇太極策馬至前，下馬親為代善包扎，以金巵賜酒，飲畢嘆道”朕以為兄長年高不可馳馬，兄長奈何不自愛“于是停止射獵，返回盛京途中，命代善乘輿緩行，日行十五或二十里。
擁立順治
1643年崇德八年農歷八月九日晚，皇太極突然駕崩。最有可能的繼承人有三位，一是皇太極的長子豪格，他有其父擁有的強大的正黃、鑲黃二旗作后盾，他自己南征北戰二十年，軍功卓著，先后榮任和碩貝勒、和碩肅親王，并統攝六部至中最重要的戶部，且豪格在八旗王公大臣中還享有比較高的威望。另一是和碩睿親王多爾袞，他擁有自己的正白旗和弟弟多鐸的鑲白旗，人馬眾多，因長期受到皇太極的寵待，還得到了不少老臣的支持，所以勢力相當強大。再一位和多年前一樣還是代善，雖然代善雖已退居幕后數年，但他擁有正紅、鑲紅二旗，曾經統兵出征咤叱風云三十年，為后金清國的建立與強大，建樹了不可磨滅的功勛，在八旗王公中，他資歷最老，地位最高，又有碩讬、瓦克達、阿達禮、愛新覺羅羅洛渾、滿達海等一批封授王公爵位的兒孫，勢力其實是最強大的。在議立新君的過程中，兩黃旗的主要大臣欲立豪格為帝，兩白旗擁戴多爾袞。
皇太極死后的第五天，即農歷八月十四日，代善召集議政王會議，共同議立嗣君。在會議過程中，多鐸提出“不立我，論年紀，應當立禮親王代善。”
代善說“睿親王如果應允，當然是國家之福；否則，豪格是皇帝的長子，當承大統。至于我，年老體衰，難得勝任。”