崇禎皇帝到達之后，首先便對第一次戰事做出了定性這是一場大捷，粉碎了準葛爾部叛逆的陰謀，在哈密堅守無投降，正是體現了大明堅強不屈，保家衛國的軍魂，因此，所有在哈密堅守的大明將士，均被記功，并受哈密紀念章一枚。
甘肅巡撫呂大器有過有功，但功大于過，升左都御史，兼太子少保，準其告老還鄉，休養身體。
另外，哈密之戰中戰死將士，全入大明忠烈祠享大明香火，家屬按律得到優待；
但是，在哈密之戰中潰逃的那一部分，就和當初遼東部族投降大明一樣，全部降為奴隸兵，準他們隨軍繼續作戰，戴罪立功者方能重新轉為正式的大明將士。當然，對于那些百戶以上軍官潰逃的，崇禎皇帝沒有手軟，軍前斬首示眾
雷厲風行地做出了賞罰之后，崇禎皇帝的身邊，就是四萬左右洪承疇所部，以及一萬多騎驃騎營將士，人數重新達到了五萬多人。
不過這其中，有五千多成了步卒。這些人就不方便繼續隨軍，因為趕不上大軍行進速度。因此，崇禎皇帝下旨，他們在哈密就地駐守，修筑哈密，為將來大明掌控西域做準備。
然后，他就領著四萬五千多騎，再次西征，從哈密浩浩蕩蕩地出發了。
這一次，全軍并沒有分散，所有騎軍，都合在一起，最多各部之間，相差一日行程，分散成南北兩線，向烏魯木齊方向推進。
當然，崇禎皇帝這么做，并不是沒有一點目的的。
在哈密出發之前，他就釋放了十二名準葛爾部騎軍的俘虜，明確告訴他們道“朕來了，給你們準葛爾部最后一次機會。朕會在輪臺等你們，期限半個月，立刻無條件投降。過期不候，滅族”
這十二名準葛爾部的倒霉蛋是在洪承疇所部救援的過程中，俘虜的沒能及時逃走的準葛爾部哨探。他們原本以為會被明國皇帝殺了祭旗，沒想到還有命活著回去，不管他們是否真心，都是連聲答應，保證把話帶到。
他們自然不會想到，崇禎皇帝在他們之中的三個小頭目身上，各自放了一顆甲級竊聽種子。把這些人放回去，就能讓他找到準葛爾部騎軍躲藏的地點。要沒有這個金手指的話，而且他們不投降大明，那就真得是殺了祭旗了。
所謂輪臺，其實就是后世的烏魯木齊，是貞觀年間大唐始設。唐代著名邊塞詩人岑參曾在此留下“忽如一夜春風來，千樹萬樹梨花開”等膾炙人口的詩句。
這里北上就是準格爾盆地，南下就是伊犁地區，西進則是塔城地區，是準葛爾部原本活動區域的中心位置。
對于崇禎皇帝的這番部署，洪承疇其實是看不懂的。不過崇禎皇帝乾坤獨斷，并沒有征求他們的意見，他們也不敢對此有意見，就只能這樣了。
如果要問洪承疇意見的話，他認為還是要分兵。他帶一路，皇上帶一路，預定目標，包抄合擊，這樣如果準葛爾部真在預定地點的話，就能合圍消滅準葛爾部的可能。