這一次黃巢恨城民協助官軍，于是縱兵屠殺，血流成河，謂之洗城，而黃巢未派大軍追擊唐軍，讓唐軍有喘息機會。
逃往川地的僖宗反攻，九月，齊軍將領朱溫在同州與王重榮交戰中，投降唐軍，被圣唐廷任命，并賜名全忠。
而圣唐將軍李克用部一萬余人南下，齊軍大將趙璋戰死，華州、蘭田相繼失守。
黃巢不敵，撤出長安，逃入商山，沿途拋棄黃金珠寶，圣唐大軍爭寶竟不急追，后以齊將孟楷為先鋒，攻逼蔡州，圣唐軍守將秦宗權戰敗投降，之后圍攻陳州，遭遇圣唐軍將領趙犨頑強抵抗，大小數百戰，始終未能攻拔其城，齊將孟楷挺進豫州的途中，中俘犧牲。
黃巢聞知孟楷遇害，大怒，部隊屯于溵水，掘塹五重，百道攻之，誓為孟楷報仇，圣唐大軍在陳州附近的西華大敗黃思鄴，齊軍退軍故陽里，陳州之圍遂解。
之后黃巢引兵向汴州行進，尚讓以五千精銳直逼大梁，圣唐將軍李克用率兵五萬，自河中南渡，連敗齊軍于太康、汴河、王滿渡。
黃巢只好轉戰魯地，同年三月，朱溫大敗黃巢于王滿渡，黃巢的手下李讜、葛從周、楊能、霍存、張歸霸、張歸厚、張歸弁等投降朱溫；而黃巢殘部向東北逃亡，又遇李克用于封丘，時遭大雨，黃巢集散兵近千人奔兗州，李克用軍晝夜馳，糧盡不能得巢，乃還。
隨后圣唐將軍時溥派李師悅率兵萬人，與降將尚讓緊追其后，黃巢入泰山，圣唐將軍時溥大將張友與尚讓率之眾掩捕黃巢。
黃巢攻打陳州失敗之后，一路被圣唐軍緊追，最后退到泰山狼虎谷，見大勢已去，他對外孫林言道“我本想為國討伐奸賊，革新朝政，但功成而不退，以致失敗。現在，我的腦袋不能便宜了別人，你拿去獻給天子吧，還能圖個富貴”
林言不忍下手，黃巢毅然自刎，于是林言割了黃巢的首級，然后將黃巢的兄弟，妻子等人都殺了，準備去投降圣唐大軍，但路上遇到一隊野蠻的圣唐軍隊，他們將林言殺了，砍下其首級送給了圣唐軍將領時溥。
由黃巢以及王仙芝所領導的起義軍雖然被撲滅，但它攪動了圣唐的半壁江山，導致圣唐末期國力大衰。
而叛變圣唐農民起義軍的朱溫，被圣唐王廷賜名全忠，用以為將，朱溫鎮壓義軍，重兵在握，他以河南為中心，極力擴大勢力，逐漸成了圣唐末期最大的割據勢力。
朱溫追殺黃巢殘部，立了許多功勞，僖宗很高興，對他多有嘉獎，但不久之后，年輕的僖宗莫名其妙就死了，僖宗一生大部分時間都在逃亡，不過卻死在長安，當時他剛剛回到長安不久，在武德殿駕崩。
僖宗一死，朱溫失了后臺，開始被人欺負。
僖宗死的時候太年輕，僅有二子，還全部早夭，他駕崩后，宦官們擁立了他的弟弟為昭宗，僖宗當初寵幸宦官田令孜，但田令孜此時早已被殺，掌權的宦官是楊復恭、劉季述等人，但是他們不識時務，都以為天下還可以像當年那樣，由宦官挾天子以令天下，殊不知時代早已經變了。
昭宗和僖宗全然不同，他一點都不喜歡宦官，一直想除掉這些人，但是他手上沒有兵權，昭宗很有心機，故意挑唆楊復恭與干兒子楊守立反目，最后將他們二人都除掉了。
昭宗還想平定藩鎮，他組建新軍，又充分利用各藩鎮之間的矛盾，取得了一些成績，但是，此時李唐王朝氣數已盡，他怎么努力都是白搭，后來禁軍被藩鎮擊潰，唐朝的嫡系部隊蕩然無存，至此唐朝再也無力中興了。