后來，圣唐王庭，想到了招降之策，派宦官到蘄州見王仙芝，封其官銜，而后者聽說有光宗耀祖的大官可做，欣然同意了，于是，宰相王鐸堂弟王鐐為王仙芝寫信給蘄州刺史裴偓，表示愿意接受招安。
是年年底裴偓誘降王仙芝，愿授圣唐王庭之職，而黃巢堅決反對，大罵王仙芝“始吾與汝共立大誓，橫行天下。今汝獨取官而去，使此五千余眾何所歸乎”
隨后以杖擊傷仙芝頭部，頭破血流，其眾喧嘩不已。
見招安不成，蘄州刺史裴偓逃奔ez，不久兩軍分裂，三千余人從仙芝，仙芝乃大掠蘄州，黃巢引兵二千北上。
不久之后，王仙芝帶領的起義軍在鄂被圣唐大軍打敗，他本人也被殺死，王仙芝失敗之后，起義軍重新整合，眾軍士推舉黃巢為首領，又稱沖天大將軍，轉戰黃淮流域，又進軍長江下游一帶。
黃巢軍進攻汴、宋二州，為東南面行營招討使張自勉所阻，轉攻衛南、葉、陽翟等地，圣唐征調義成兵三千人守衛東都附近的伊闕、武牢等地，豫一時勢壯。
黃巢率軍渡江南下，與舊部王重隱相呼應，攻下饒、信等州，同年十二月，進入閩，轉入粵。
第二年10月，農民起義軍攻克羊城，活捉節度使李迢，起義軍在羊城休整兩個月后，補充了人員和武裝，這時，黃巢以百萬都統的名義發表了北伐的政治宣言，提出了禁止官員聚斂財產，犯贓者滅族的具體政治主張，之后揮師北上。
是年黃巢大軍自桂編木筏，沿湘江而下，進逼江陵，北向襄陽，圣唐王廷得知黃巢將北上，遣宰相王鐸為南面行營招討都統，屯兵江陵，又任命李系為行營副都統兼湖南觀察使，統兵十萬屯駐潭州，“以塞嶺北之路，拒黃巢”。
此時農民軍連下永州和衡州，抵潭州城下，李系驚恐，緊閉城門，黃巢揮兵力戰，一日而下潭州，圣唐大軍十萬人血染湘江，讓乘勝追擊，以五十萬軍進逼江陵，王鐸奔襄陽，黃巢兵不血刃占據江陵，北趨襄陽。
之后，起義渡過淮河，向官軍將領發出檄文“我們攻擊京都，只向皇帝問罪，與各位無關。各位各守各的地界，不要觸犯我們”
各地將領接到檄文，均想保存實力，不愿為朝廷賣力。
于是，黃巢號稱百萬大軍，浩浩蕩蕩逼近潼關，并且黃巢親自到陣前督戰，大敗圣唐軍，在起義軍攻下潼關之后，僖宗驚慌失措，頭也不回，一路逃到了川地，而來不及逃走的圣唐官員，出城投降。
之后黃巢軍進入京都，守京大將張直方率眾迎接黃巢大軍進城，整眾而行，不剽財貨，群眾達百萬軍，入城后，軍紀嚴明，閭里晏然，曉諭市人黃王起兵，本為百姓，非如李氏不愛汝曹，汝曹但安居無恐。向貧民散發財物，百姓列席歡迎。
一月，即位于含元殿，建立了大齊政權，年號金統，原朝官員，四品以下留用，余者罷之。
不久，其部屬殺人滿街，巢不能禁，圣唐宗室留長安者幾無遺類，唐室官員惶惶不可終日，史書言華軒繡轂皆銷散，甲第朱門無一半；內庫燒為錦繡灰，天街踏盡公卿骨，又沒收富家財產，號稱淘物，宮室皆赤腳而行。
而圣唐大軍一直未對新朝停止進攻，曾經一度攻入京都，黃巢軍露宿霸上，調知官軍不整，且諸軍不相繼，引兵還襲之，自諸門分入，大戰長安中，宗楚、弘夫死，軍士重負不能走，是以甚敗，死者什八九。