司令部：
帝國軍隊的最高組織機構是拜托爾戰爭指揮部。下面是海軍司令部和陸軍司令部，這是指揮帝國海軍所有行動的組織機構。海軍司令部直接接受皇帝獨特存在和皇帝的實體化身（戰爭君主）的命令。艦隊指揮官是擁有大量作戰經驗的高級軍官和政委負責各種海軍指揮。擁有某位將領或者主要星球詞綴各種帝國船只一般為艦隊指揮艦。在少數情況下，海軍司令部也直接參與軍事行動。
軍隊中最高級別的軍官是“元帥”，由皇帝獨特存在親自在軍隊上將中任命的干部。元帥和高等上將通常被視為獨特存在對加強海軍作戰能力特別安排的人，這些人都是帝國之所以能日漸崛起的原因。他們包括受人尊敬的海軍戰略家，研究人員和帝國參議會的參議員，他們是整個帝國軍隊的實質領導干部。
管理部：
在海軍司令部內，海軍由四個組織分支機構管理：航道管制部門，飛行部門，艦隊打擊部門和支援部門。此外，這些組織中的每一個都有一支特殊部隊被專門劃分為專注于帝國海軍特定星區。
飛行部門的任務是監督戰機的運作。它有各種較小的支部以及一個航道總管部門的大型部門，該部門還直接控制帝國的戰機運行，包括帝國的海妖號和死眼號，精英飛行員和載具駕駛人員。此外，飛行部門還負責為飛行員頒發海軍勛章并進行嘉獎。
航道管制部門負責帝國的戰艦，主力艦和支援艦艇，以及他們的指揮官和船員。該部門的任務還包括處理海軍部隊內部的戰略，戰術和行政管理。這個部門中還設有各個分部門，其中三個最大的部門是戰爭司，后勤司和行政司。該部門人員包括了船員，船長和艦隊指揮官。
艦隊打擊部門由負責火控和工程維護職責的人員組成。在這個分支內有兩個部門：戰術和戰略打擊控制部門，工程部和技術服務部。前者專注于實行戰艦武器打擊，執行戰術部署以及戰略占領及壓制功能。后者負責管理維護各戰艦的亞光速和超空間驅動器，以及船體的完整性，工程部門管轄范圍之外的配電，生命支持和其他項目。
支援部門處理提供服務，使得海軍人員可以將自己的職責能夠有效履行。這個部門至少有五個分支：軍械，槍械，通信，醫療和導航。軍械處理各種海軍戰艦武器系統的安裝和維護。槍械供應會向人員提供武器。通信支部的任務是控制數據和處理信息系統。醫療處理研究和提供醫療服務。導航則是計算超空間路線以及其他導航相關事項。
除了這四個主要分支外，帝國海軍內部還有幾個分支。其中一個是帝國海軍的情報部門，負責處理情報收集活動。另一個是海軍的秘密精銳部隊，被稱為堡壘艦隊。堡壘艦隊主要負責帝國海軍的研究，發展和工程。因為之前在皇帝的預言來臨之前，帝國需要開發更加強大的新戰艦。該部門并非是由帝國本身所開辦的，而是由先行者創立的。架構者們掌握的技術在與收割者的科技融合后便產生了大量新的結果。帝國供應部并不是帝國海軍的一個部門，因為該部門會給首都學院提供商業服務培訓民用輔助艦隊。因此，它在技術上是平民性質，但商業服務卻是和帝國海軍有間接聯系。另外一個部門在技術說上是支持帝國軍隊，然而談更多的是為帝國探險隊和帝國調查隊提供支持，然而這二者也隸不屬于帝國海軍，雖然海軍會用這兩個隊的研究來確定哪些世界需要征服或者進行附屬化，他們通常會在兩個隊伍確定了實際情況后這樣做。另外，皇帝的特殊侍衛是根除者戰團的三個支部戰團，以及大量墮落者戰獸團。
帝國海軍通過“帝皇海軍法典”訓練士兵以及軍官，這是一套旨在指導大規模軍事組織的軍事法典。“法典”中的培訓，毫無疑問地使得帝國戰士們會服從命令，并使其自愿為帝國以及皇帝而戰死。
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帝國海軍人員（imperialnavy）
雖然帝國海軍的主要艦艇很重要，但人力在海軍中也是至關重要的。像大多數軍隊一樣，帝國海軍將其人員分成軍官和士兵。整個帝國范圍內有龐大人口去支持巨大的軍隊，據估計在可控空間中有267億帝國海軍成員。整個帝國軍隊更是達到龐大的798億人。
在帝國海軍中護衛艦隊和重型艦隊都是由指揮艦艦橋中的指揮官任命指揮。由于帝國的核心為首都中心的參議院和皇帝本人所統治，最高級的指揮官的職位幾乎總是賦予給了那些由參議院和皇帝本人所選擇的優秀高級軍官掌控軍隊，而首都外世界外的軍隊內同時也有足夠多的將官和校官去指揮下屬官員。一個值得注意的例外是遠在舊帝國前的第一黃金時代時期的老拜托爾帝國，現任皇帝獨特存在的職業生涯。他是第一個從科學家轉行加入軍隊在當上了中校了后成為了當時的皇帝烏蘭科爾的海軍艦隊指揮官，并且也是湮滅號的船長。
加入帝國海軍的人包括了海軍專家，安保人員和技術人員。帝國海軍的人員均擁有對駁船和維護系統的基本操作的知識，同時也能夠監測各種船只上的儀器。船員經常在艦橋的控制儀上工作，使用神經鏈接技術可以使得他們能夠更加專注自己的工作并擁有著不弱于人工智能腦的計算能力，但也有坐在正常操控臺上執行任務的控制員。陸軍的士兵和帝國海軍成員一般都會在船上的等候區里預備著，準備隨時進行登錄作業。基本上所有的戰艦的武器和次要武器都是由艦載電腦進行操作，而活體人員則是負責是飛行科的一支專業精英隊伍，這些駕駛員基本上跟都是以男性組成，因為在戰機內的巨大加速度對女性駕駛員的生殖功能有著嚴重影響，長期作業可能會導致永久性喪失生殖能力。飛行科的所有成員都擁有敏銳的眼神，卓越的反應能力以及與大量使用飛行相關的專業設備的融洽操作能力。
帝國飛行員一般來說需要負責的職務分為戰術飛行中隊和星際戰機隊。然而海妖號的飛行員是來自戰術飛行隊的精英，他們是海軍內部形成了自己獨特的社會群體。帝國在巢都世界上招募了數百萬飛行員，并且通常將其視為不可消耗的資產，每一位飛行員都是在不亞于訓練一位政委的投資下訓練的。其他戰機飛行員包括偵查部隊，他們擔任突擊艇的飛行員。
海軍一直以來都有自己的特種部隊：帝國戰幫百夫長和戰團執政官。他們是帝國海軍內部的精銳部隊。偶爾，皇帝私人的根除者禁衛軍也參加帝國海軍。