在西南方面，明朝自攻克云南之后，就派沐英世代鎮守云南，設立三宣六慰。明成祖朱棣在位期間建立gz省，開始改土歸流，要將西南少數民族逐步納入中央王朝的控制之中。
并且在東北設立了努爾干都司招撫當地土著部落。
1398年至1402年的靖難之役，1449年的土木堡之變是明朝面臨的最大危機。盡管其規模遠比安史之亂、靖康之變小很多，但是仍然對明朝產生了巨大的影響。
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前者是燕王朱棣登上皇位，用近乎窮兵黷武的架勢開疆拓土，大興土木，將首都遷到bj，確立了明朝天子守國門的傳統。而后者則是徹底改變了明朝，使明朝從此轉入被動防守狀態。
1449年，明軍在土木堡全軍覆沒，明英宗朱祁鎮被瓦剌俘獲，消息傳回bj朝廷震動，于謙挺身而出，擁立朱祁鈺登基領導bj保衛戰打退了瓦剌的進攻，使明朝沒有重蹈靖康之難的覆轍。
到了明朝中期，吏治日益腐敗，邊患頻繁。東南沿海有倭寇襲擾，明武宗朱厚照自封威武大將軍，偷偷跑出關外，在應州打退韃靼小王子的進攻，使韃靼數年不敢犯邊。
但是到了嘉靖后期，由于武備松弛，竟讓俺答汗一路打到了北京城下，差點重演了100年前的bj保衛戰。
在得到明朝通貢的承諾后，俺答汗留下一地狼藉，揚長而去。首都bj尚且如此，留都南京的情況也沒有好到哪去。
公元1555年，一伙倭寇在紹興登陸，燒殺搶掠，最后竟跑到了南京城下，城內的勛貴官員們如臨大敵，差點被倭寇偷家。嘉靖皇帝大為惱火，下旨處罰了沿途官員。這次事件充分說明了明朝海防的拉胯程度以及倭患的嚴重程度。
第二年，嘉靖下旨任命胡宗憲為總督抗擊倭寇，胡宗憲征徐渭、沈明臣、茅坤、文征明為幕僚，以俞大猷、戚繼光、盧鏜為大將，分化瓦解，教輔并用，逐漸平定倭患。
1561年，戚繼光臺州大捷，徹底蕩平了浙江倭寇。但是徹底解決困擾了明朝上百年的倭寇問題，卻是隆慶開關。
明初時東南沿海就倭寇襲擾，朱元璋下令實行海禁政策，嚴禁民間與海外貿易。但是這卻導致了沿海走私猖獗，再加上本日處于戰國時代，在本土戰敗的浪人炮制中國劫掠。
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