現在他已經算的上是一個刺客大師了。
但故事才剛剛開始而已。
在威尼斯，艾吉奧再次遭到了圣殿騎士的陷害，被迫逃出城外。
第二年，艾吉奧在狂歡節的時候再次回到了威尼斯，人群中艾吉奧使用達芬奇通過阿泰爾密卷研究的新武器袖槍成功的刺殺了馬克巴爾巴里戈。
但他只是圣殿騎士扶持的一個傀儡而已，刺客們開始尋找其他圣殿騎士首腦的蹤跡，艾吉奧單騎闖入西斯廷教堂獨自面對教皇，然而獲勝的艾吉奧并沒有殺死他。
隨后艾吉奧將金蘋果與宗教十字拼在一起，打開了地下室的隱藏通道，一位自稱“密涅瓦”的幻影通過他向未來傳遞消息：人類將有重大災難發生。
而艾吉奧這個時候卻時一頭的霧水。
從羅馬回到蒙特里久尼自家莊園的艾吉奧，和刺客組織們講述了意大利的故事。
然而來自羅馬的仇家很快就到了，教皇的兒子，歷史上的“毒藥公爵”凱撒波吉亞偷襲了莊園，殺害了馬里奧叔叔，捉走了艾吉奧的情人凱特琳娜，而艾吉奧也重傷，僥幸逃脫。
在艾吉奧重傷昏迷時，他得到了刺客馬基雅弗利的救助，在治好傷勢后，他與羅馬當地刺客組織開始了對波吉亞家族和圣殿騎士的復仇。
艾吉奧此刻明白，刺客式微，如果想要對抗圣殿騎士必須更多的力量——而這些力量必須與權貴為代表的的圣殿騎士相對。
于是打決定從底層民眾入手，重建了兄弟會，將刺客的技藝和信仰傳遞給更多人，攜手對抗殘暴統治的圣殿騎士。
最后艾吉奧成功的帶領了成長起來的兄弟會完成了復仇，并根據金蘋果的指引一路追殺凱撒至西班牙，在烈火包圍的戰場上，殺死了凱撒。
而羅馬的活動讓艾吉奧得到了“刺客導師”的美名，這也是他刺客生涯中最輝煌的時刻。
隨后艾吉奧在整理馬里奧叔叔遺物的時候，他發現了一封信件，來自他父親的信件。
信中，他父親提及一個隱藏在刺客始祖，阿泰爾家鄉的一個秘密圖書館。
據說在那個圖書館里，有關于刺客甚至世界的更多秘密。
出于好奇與求知，艾吉奧踏上了尋真之旅。經過十個月的跋山涉水，已經年過半百的艾吉奧抵達了邁斯亞夫。
然而這昔日的刺客圣地，此時此刻已經被圣殿騎士所掌控了，剛剛到達的艾吉奧立刻被圣殿騎士捉住，而在即將被處刑的時候，他得到了阿泰爾的“啟示”，終于逃出生天。
隨后艾吉奧發現，這些圣殿騎士的目的也是尋找阿泰爾的秘密圖書館，然而打開這個圖書館的“鑰匙”還未能找到。
于是艾吉奧不斷地搜尋著鑰匙，順帶著還在君士坦丁堡卷入了拜占庭王室的內部斗爭之中，以及在當地認識到了一個女人，他未來的妻子。
即便如今的艾吉奧，已年過半百，但仍不失本性。
‘這位先生，你是誰？’女人奇怪的看著艾吉奧問道。
‘我？只不過是你一生遇到最有趣的人。’穿著刺客服的艾吉奧，帶著笑容轉頭說道。
一路上，艾吉奧獲得了許多的‘小黃碟’，而這些‘小黃碟’也正是圖書館的鑰匙。
在這些‘小黃碟’中艾吉奧得以看到前輩阿泰爾波瀾壯闊的一生，艾吉奧他越發理解和憧憬這位前輩，期待著打開圖書館的那一刻。
最終艾吉奧集齊了鑰匙，與索菲亞一同到達了阿泰爾圖書館的門前。
但在進入了圖書館后，與他想象中不同的是，那里沒有所謂的書和知識，只有刺客先輩，阿泰爾的遺骨，還穿著一身刺客套裝，安詳坐在中央。
數百年光陰凝結在兩代刺客大師傳承的轉眼一瞬里